您可以在页面上找到“Links & Tools”条目，点击“CCDS：CCDS11118.1”，进入相应的详细页面，找到“Nucleotide Sequence（1182 nt）即CDS序列”，找到“Translation（393 aa）即蛋白序列”。另外，在基因相关信息页面，下拉找到“NCBI Reference Sequences(RefSeq)”条目，在“mRNA and Protein(s)”里可以看到有不...
点击Algorithm parameters,可以展开BLAST的参数。Max target sequences:最多输出比对到的序列数目,根据实际需要设置;Expect threshold:E值,一般设置1e-5。设置完成后点击BLAST即可。 4,blast结果。在blast结果的描述区域(Descriptions)中:Query Cover:代表你的序列有多少比对到数据库中了。E value:表示随机匹配的可能性...
Blastn包括基础数据库nr(nonredundant nucleotide),Refseq(rna,gene,genomes等),以及包含各种contigs,tags数据库等,选择界面如下图所示。 rRNA/ITS数据库包含16s核糖体RNA序列(细菌和古细菌),以及18s,28s核糖体和内转录间隔区的真菌。 BLAST图标下可以自定义算法的参数,如下图所示:可以设置BLAST搜索的数据库返回的最...
NCBI Blast : Nucleotide Sequence ( 1173 letters )Blast, NcbiResults, Formatting
1,进入在线blast界面,可以选择blast特定的物种(如下)。不同的blast程序上面已经有了介绍。这里以常用的Blast 中nucleotideblast作为例子。 Human 人类 Mouse 小鼠 Rat 大鼠 Arabidopsisthaliana拟南芥 Oryzasativa水稻 Bostaurus牛 Daniorerio斑马鱼 Drosophilamelanogaster黑腹果蝇 ...
NCBI中Blast种类简介 1. Blast Assembled Genomes 在一个选择的物种基因组序列中去搜索。 2.Basic Blast 2.1 nucleotide blast--- 用核酸序列到核酸数据库中进行搜索,包括3个程序 2.1.1 Blastn---核酸序列(n)到核酸序列数据库中搜索,是一种标准的搜索。 2.1.2 megablast---该程序使用“模糊算法”加快了比较速...
左上的输入框可以读取任意核酸序列,包括Genbank的检索编号,ATCG和FASTA格式的一段序列,或者点击choose file上传一个FASTA格式的文件。点击复选框“Align two or more sequences”可以添加多个序列比对。Query subrange可以指定搜索的残基范围。 Blastn包括基础数据库...
登录NCBI主页，点击blast，选择nucleotide blast。在弹出的网页中，在Enter Query Sequence栏输入您测序的序列。在Choose Search Set选项中，选择others。无需调整其他设置，直接点击最后的blast按钮。等待比对结果弹出，通常很快。比对结果可以直接查看，无需解释。具体操作如下：首先，访问NCBI的官方网站，找到...
1进入在线blast界面可以选择blast特定的物种如下。不同的blast程序上面已经有了介绍。这里以常用的Blast 中nucleotide blast作为例子。 Human 人 Mouse 小鼠 Rat 大鼠 Arabidopsis thaliana 拟南芥 Oryza sativa 水稻 Bos taurus 牛 Danio rerio 斑马鱼 Drosophila melanogaster 黑腹果蝇 ...
首先，我们来了解一下Nucleotide BLAST。Nucleotide BLAST是一款用于核苷酸与核苷酸比对的工具。在进行比对时，您需要从“Standard database”中选择一个具体数据库进行操作。各个数据库包含的序列信息有所不同，因此选择合适的数据库至关重要。1. Nucleotide collection（nr/nt）：包含GenBank、EMBL、DDBJ、PDB...