蛋白质Protein BLAST默认使用“blosum62”矩阵,其他如PAM矩阵也可以使用。 核酸序列Nucleotide BLAST默认用+2作为每对配对的碱基,-3作为每对错配的罚值。同时有空位罚分 (Gap Penalties)可以自己设计每个产生的空位gap以及延长extension的罚分。 03 Nucleotide BLAST Blastn可以用来进行核酸搜索和序列比对,序列包括从tRNA...
BLAST分为4种,分别如下: (1) Nucleotide BLST:输入核酸序列,与数据库中的核酸序列比对; (2) blastx:输入核酸序列,系统按照读码框翻译成蛋白序列,再与数据库中的蛋白序列比对; (3) tblastn:输入蛋白序列,与数据库中核酸序列按照读码框翻译成的蛋白序列比对; (4) Protein BLAST:输入蛋白序列,与数据库中的蛋白...
蛋白质Protein BLAST默认使用“blosum62”矩阵,其他如PAM矩阵也可以使用。 核酸序列Nucleotide BLAST默认用+2作为每对配对的碱基,-3作为每对错配的罚值。同时有空位罚分 (Gap Penalties)可以自己设计每个产生的空位gap以及延长extension的罚分。 03 Nucleotide BLA...
总之,这是一个导航页面,它的目的是让你根据自己的比对目的选择相应的BLAST途径。 下面以最基本的核酸序列比对来谈一下BLAST的使用,期间我也会含沙射影的说一下其他序列比对的方法。 2.点击Basic BLAST部分的nucleotide blast链接到一个新的页...
1,进入在线blast界面,可以选择blast特定的物种(如下)。不同的blast程序上面已经有了介绍。这里以常用的Blast 中nucleotideblast作为例子。 Human 人类 Mouse 小鼠 Rat 大鼠 Arabidopsisthaliana拟南芥 Oryzasativa水稻 Bostaurus牛 Daniorerio斑马鱼 Drosophilamelanogaster黑腹果蝇 ...
1进入在线blast界面可以选择blast特定的物种如下。不同的blast程序上面已经有了介绍。这里以常用的Blast 中nucleotide blast作为例子。 Human 人 Mouse 小鼠 Rat 大鼠 Arabidopsis thaliana 拟南芥 Oryza sativa 水稻 Bos taurus 牛 Danio rerio 斑马鱼 Drosophila melanogaster 黑腹果蝇 ...
下面以最基本的核酸序列比对来谈一下BLAST的使用,期间我也会含沙射影的说一下其他序列比对的方法。2.点击Basic BLAST部分的nucleotide blast链接到一个新的页面。打开后如图所Qu/F rrtef ac cotBion number , yi. di FAST AOi uplaiJEl 52、fileJoHb Tillie&ieabaw心 Htimj p gtnonrw * Iran ic 甲 ...
一步一步教你使用 NCBI 查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、promoter、引物设计、BLAST 序列比对等 最近看到很多战友在论坛上询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用BLAST 进行序列比对……，这些问题在 NCBI 上都可以方便的找到答案。现在我就结合我自己使用 NCBI的一些经历（经验）跟大家交流一下 BCBI 的使用。
您可以在页面上找到“Links & Tools”条目，点击“CCDS：CCDS11118.1”，进入相应的详细页面，找到“Nucleotide Sequence（1182 nt）即CDS序列”，找到“Translation（393 aa）即蛋白序列”。另外，在基因相关信息页面，下拉找到“NCBI Reference Sequences(RefSeq)”条目，在“mRNA and Protein(s)”里可以看到有不...
一步一步教你使用 NCBI 查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、promoter、引物设计、BLAST 序列比对等 1.png回复此楼» 本帖附件资源列表欢迎监督和反馈:小木虫仅提供交流平台,不对该内容负责。 本内容由用户自主发布,如果其内容涉及到知识产权问题,其责任在于用户本人,如对版权有异议,请联系邮箱:xiaomuchong@tal.com ...