BLAST分为4种,分别如下: (1) Nucleotide BLST:输入核酸序列,与数据库中的核酸序列比对; (2) blastx:输入核酸序列,系统按照读码框翻译成蛋白序列,再与数据库中的蛋白序列比对; (3) tblastn:输入蛋白序列,与数据库中核酸序列按照读码框翻译成的蛋白序列比对; (4) Protein BLAST:输入蛋白序列,与数据库中的蛋白...
蛋白质Protein BLAST默认使用“blosum62”矩阵,其他如PAM矩阵也可以使用。 核酸序列Nucleotide BLAST默认用+2作为每对配对的碱基,-3作为每对错配的罚值。同时有空位罚分 (Gap Penalties)可以自己设计每个产生的空位gap以及延长extension的罚分。 03 Nucleotide BLA...
1,进入在线blast界面,可以选择blast特定的物种(如下)。不同的blast程序上面已经有了介绍。这里以常用的Blast 中nucleotideblast作为例子。 Human 人类 Mouse 小鼠 Rat 大鼠 Arabidopsisthaliana拟南芥 Oryzasativa水稻 Bostaurus牛 Daniorerio斑马鱼 Drosophilamelanogaster黑腹果蝇 Gallusgallus乌骨鸡 Pantroglodytes黑猩猩 Microbe...
总之,这是一个导航页面,它的目的是让你根据自己的比对目的选择相应的BLAST途径。 下面以最基本的核酸序列比对来谈一下BLAST的使用,期间我也会含沙射影的说一下其他序列比对的方法。 2.点击Basic BLAST部分的nucleotide blast链接到一个新的页...
1进入在线blast界面可以选择blast特定的物种如下。不同的blast程序上面已经有了介绍。这里以常用的Blast 中nucleotide blast作为例子。 Human 人 Mouse 小鼠 Rat 大鼠 Arabidopsis thaliana 拟南芥 Oryza sativa 水稻 Bos taurus 牛 Danio rerio 斑马鱼 Drosophila melanogaster 黑腹果蝇 ...
一步一步教你使用 NCBI 查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、promoter、引物设计、BLAST 序列比对等 最近看到很多战友在论坛上询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用BLAST 进行序列比对……，这些问题在 NCBI 上都可以方便的找到答案。现在我就结合我自己使用 NCBI的一些经历（经验）跟大家交流一下 BCBI 的使用。
总之, 这是一个导航页面, 它的目的是让你根据自己的比对目的选择相应的 BLAST 途径。 下面以最基本的核酸序列比对来谈一下 BLAST的使用, 期间我也会含沙射影的说一下其他序列比对的方法。2 点击Basic BLAST部分的nucleotide blast 19、 链接到一个新的页面。打开后如图所示:介绍一下上述页面: Enter Query ...
您可以在页面上找到“Links & Tools”条目，点击“CCDS：CCDS11118.1”，进入相应的详细页面，找到“Nucleotide Sequence（1182 nt）即CDS序列”，找到“Translation（393 aa）即蛋白序列”。另外，在基因相关信息页面，下拉找到“NCBI Reference Sequences(RefSeq)”条目，在“mRNA and Protein(s)”里可以看到有不...
点击BLAST运行,等待,,, 检索结果显示 检索结果解读(重点看5、8、9三个指标) Description:如果结果中出现过多hypothetical protein假设蛋白、Unnamed protein product未命名蛋白、Putative uncharacterized protein(未表征蛋白)等结果,表明进行比对的数据库不太合适,检索结果意义不大。 Scientific...
BLAST比对包括一对序列,其中每个单位的配对成为排列。其中包括两个相同单位的match(匹配),两个单位不同的mismatch(错配)以及gap(空位)。 蛋白质Protein BLAST默认使用“blosum62”矩阵,其他如PAM矩阵也可以使用。 核酸序列Nucleotide BLAST默认用+2作为每对配对的碱基,-3作为每对错配的罚值。同时有空位罚分 (Gap ...