Word size(单词长度):默认为3,对BLASTP而言,大的单词长度会得到更精确的搜索结果。 Max matches in a query range(查询区域内的最大匹配数):有时在感兴趣区域内的匹配会被其他区域出现的频繁匹配所掩盖,这个选项允许抛弃数据库中的冗余匹配。 2.2 scoring parameters(得分参数) Matrix(矩阵):对于BLASTP,共有8个...
1、访问NCBI-BLAST 在线比对网址 访问NCBI-BLAST网址(https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi),并根据查询序列的类型(蛋白或核酸)来选择使用的比对方法 2、在线进行序列比对 2.1 在线进行两序列比对 选择进行多序列比对,粘贴或者上传需要比对的序列,依次指定查询序列和参考序列,点击BLAST进行比对。 应用场景:查询...
DELTA-BLAST全称域增强查找时间加速BLAST,使用保守域数据库搜索的结果构造 PSSM来搜索序列数据库。 选择界面如下图所示: Blastp的Algorithmn parameters设定和Blastn的相似,除了在Scoring Parameter上设置不同。如下:计分矩阵默认BLOSUM62,对于常规的Blastp是最佳选项,可选择PAM30,70,250以及BLOSUM80,62,45,50,90,针对...
NCBI BLAST使用教程：输入查询序列：在BLAST的查询框中输入待比对的核酸或蛋白质序列。可以自定义序列范围，默认情况下为全部序列。选择搜索数据库：根据需求选择合适的数据库进行搜索，一般选择nr/nt。若需针对特定物种进行搜索，可选择相应的物种数据库。筛选程序选择：根据需求设定期望值、单词长度等参数，...
BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)是由NCBI(National Center for Biotechnology Information)开发的基于局部比对算法的一组搜索工具。BLAST包含有NCBI的很多数据库。 BLAST主要包括BLASTn,BLASTp,BLASTx,tBLASTn 和tBLASTx。 官网:BLAST: Basic Local Alignment...
Primer-BLAST是NCBI中提供的引物设计工具,将BLAST与全局对准算法相结合,可以一步到位地设计特异性引物,并且可以验证已知引物的特异性,是科研牛马赖以生存的好伙伴。 1.打开NCBI官网,选择BLAST 2.选择Primer-BLAST 3.Primer-BLAST 的输入 进入页面后,具体分为4个部分,分别为PCR Template、Primer Parameters、Exon/intron...
NCBI在线版Blast的使用指南如下：一、选择Blast类型 blastp：用于蛋白质序列之间的比对。 blastn：用于核酸序列之间的比对。 blastx：将核酸序列翻译成蛋白质后，进行蛋白质序列的比对。 tblastn：将蛋白质序列与核酸数据库中的翻译产物进行比对。 tblastx：将两种核酸序列翻译成蛋白质后，在蛋白质水平上进行...
NCBI BLAST比对结果报告分析:BLAST是NCBI开发的一款序列相似搜索程,常用在线的BLAST比对工具进行序列比对分析和引物设计。 写在解读报告之前的,首先就使用Blast最终的目的是什么达成一致,Blast是通过两两比对,找到数据库中与输入序列最相似的序列,或者说是最相似的序列片段。那么我们看比对结果就是看Blast从数据库中找到哪...
Blast主要程序 1.打开blast(https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) 2.输入比对序列及参数 3. BLAST结果分析 一般评价一个blast结果的标准主要有三项,E值(Expect),一致性(Identities),缺失或插入(Gaps)。通用还会额外加上序列长度(length)。 Score:序列比对过程中计算的得分值,得分越高,序列匹配结果越好。
NCBI的在线BLAST:http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 下面是具体操作方法 1,进入在线BLAST界面,可以选择blast特定的物种(如人,小鼠,水稻等),也可以选择blast所有的核酸或蛋白序列。不同的blast程序上面已经有了介绍。这里以常用的核酸库作为例子。