BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)是由NCBI(National Center for Biotechnology Information)开发的基于局部比对算法的一组搜索工具。BLAST包含有NCBI的很多数据库。 BLAST主要包括BLASTn,BLASTp,BLASTx,tBLASTn 和tBLASTx。 官网:BLAST: Basic Local Alignment Search Tool (nih.gov) 主界面显示如下:(tBLASTx通过...
ncbi官网入口网址,PubMed,Gen,BLAST,geo数据库,生物信息学资源中心 ncbi简介 NCBI代表美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information),是美国国立卫生研究院(NIH)下属的一个部门。NCBI是一个重要的生物信息学资源中心,旨在收集、存储和分发生物学和生物医学领域的大量数据和信息。 ncbi官网: htt...
可选择算法程序包括:Quick BLASTP可以快速搜索相似匹配序列。默认标准的blastp模式以给定的序列的相似度来进行一般性查找。PSI-BLAST通过自定义位置特异性打分矩阵PSSM 来进行查找更远的亲缘关系的相似蛋白,比blast更加灵敏。PHI-BLAST将正则表达式的匹配与匹配周围的...
其中,BLASTN工具可以将核酸序列比对至核酸数据库,BLASTP工具可以将蛋白序列比对至蛋白数据库,BLASTX工具可以将核酸序列翻译成蛋白序列后比对至蛋白数据库,TBLASTN工具可以将蛋白序列比对至已翻译成蛋白库的核酸数据库,TBLASTX工具可以将翻译成蛋白序列的核酸序列比对至翻译为蛋白数据库的核酸数据库。打开BLAST官网(https://...
①登录此网站https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/,查询物种的拉丁名; ②点击“Nucleotide BLAST”; ③在图中标红的方框内输入部分序列,点击“BLAST”; ④选择相似度最高的物种,如100%相似度,即可得到此物种的拉丁文名称。 05 Submission Category 选择投稿的类别,这里选择“Original”,点击进行下一步. ...
Primer-BLAST可以一步到位地设计特异性引物,并且可以验证已知引物的特异性,还支持根据外显子与内含子位置设计引物。 在线设计引物 1.导入基因序列信息 打开NCBI官网:ncbi.nlm.nih.gov/,单击“BLAST”。 进入下一页面后,单击 “Primer-BLAST”。 有三种方式导入基因序列信息,可以直接输入基因序列,还可以填写序列的登...
①登录此网站https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/,查询物种的拉丁名; ②点击“Nucleotide BLAST”; image.png ③在图中标红的方框内输入部分序列,点击“BLAST”; image.png ④选择相似度最高的物种,如100%相似度,即可得到此物种的拉丁文名称。 image.png ...
点击“BLAST”后,选择Protein BLAST; 选择“Align two or more sequences”,分别输入ACCESSION号“BAC16799”和“NP_998989.3”; 最终可得到序列同源性比例即为“Per.Ident”值; 本期关于蛋白序列的比对方法就介绍到这里 后续大家还想了解关于什么数据库的使用 ...
首先,登陆BLAST(blast.ncbi.nlm.nih.gov/),界面如下: 然后点击“Nucleotide BLAST”按钮进入核苷酸序列比对,界面如下: 在“Enter accession number(s), gi(s), or FASTA sequence(s)”处输入需要比对的细菌核苷酸序列,本次示例选择的是上述文本文件内的序列;“Job Title”输入一个标识,用以区分,本示例选择DO6666...
点击“BLAST”后,选择Protein BLAST; 选择“Align two or more sequences”,分别输入ACCESSION号“BAC16799”和“NP_998989.3”; 最终可得到序列同源性比例即为“Per.Ident”值; 本期关于蛋白序列的比对方法就介绍到这里 后续大家还想了解关于什么数据库的使用 ...