上期主要介绍了NCBI基因界面包含的内容以及如何查找目的序列,本期将介绍NCBI批量下载基因序列和BLAST两个常用功能。 批量下载基因序列 目的基因转录本较多的情况下,一个个点击下载费时费力,这时候就可以使用批量下载的功能。以“人TP53”为例,该基因有25个转录本,进入NCBI主页后在下拉菜单中选择“Nucleotide”,在检索框...
上期主要介绍了NCBI基因界面包含的内容以及如何查找目的序列,本期将介绍NCBI批量下载基因序列和BLAST两个常用功能。 批量下载基因序列 目的基因转录本较多的情况下,一个个点击下载费时费力,这时候就可以使用批量下载的功能。以“人TP53”为例,该基因有25个转录本,进入NCBI主页后在下拉菜单中选择“Nucleotide”,...
点击上图中“Nucleotide BLAST”,打开比对界面,粘贴或者上传需要比对的序列,选择数据库、填入物种,调整各个参数(一般默认即可),点击BLAST进行比对。需要注意的是,在参数调整时,E值是最重要的参数,可以根据情况进行适当的调整。 比对之后,就可以查看比对结果了。这里小编以小鼠为例,为大家简单介绍一下比对结果。提交BLAST...
上期主要介绍了NCBI基因界面包含的内容以及如何查找目的序列,本期将介绍NCBI批量下载基因序列和BLAST两个常用功能。 批量下载基因序列 目的基因转录本较多的情况下,一个个点击下载费时费力,这时候就可以使用批量下载的功能。以“人TP53”为例,该基因有25个转录本,进入NCBI主页后在下拉菜单中选择“Nucleotide”,在检索框...
其中NCBI提供的BLAST工具相信访问过NCBI的每个科学研究人员都用过该序列比对工具,但是在使用BLAST工具进行序列比对时,往往都要选择一个Database进行比对,那如何选择呢? BLAST工具一:Nucleotide BLAST Nucleotide BLAST是核苷酸与核苷酸比对工具,进行比对时,选择Standard database中具体哪一种database进行比对呢?每种database...
1、登录BLAST Nucleotide BLAST: Search nucleotide databases using a nucleotide query (nih.gov) 2、将FASTA序列复制粘贴 3、选择in a new window,点击BLAST 4、将样品拉丁名称复制粘贴到表格中 5、查找中文名称 发布于 2024-05-15 15:27・IP 属地安徽...
这里以常用的BLAST中Nucleotide BLAST作为例子讲解(点击Nucleotide BLAST进入比对界面)。 2,粘贴fasta格式的序列(可以是多条奥!!,本处找到我们的测试例子~/Bioinformatic/Beginner/7.Align/01.Local_align/NAC.cds.fasta)。选择一个要比对的数据库,如果是人和鼠则进行相应的选择,否则选择Others中的nr/nt(nr:所有的...
1,进入在线blast界面,可以选择blast特定的物种(如下)。不同的blast程序上面已经有了介绍。这里以常用的Blast 中nucleotideblast作为例子。 Human 人类 Mouse 小鼠 Rat 大鼠 Arabidopsisthaliana拟南芥 Oryzasativa水稻 Bostaurus牛 Daniorerio斑马鱼 Drosophilamelanogaster黑腹果蝇 ...
2. BLAST 2.1 BLAST简介 BLAST是NCBI中一个重要的模块,其全称为Basic Local Alignment Search Tool,是一种局部比对的搜索工具,也就是将输入的目标序列与NCBI数据库中已有的序列进行比对。BLAST分为4种,分别如下: (1) Nucleotide BLST:输入核酸序列,与数据库中的核酸序列比对; (2) blastx:输入核酸序列,系统按照...
您可以在页面上找到“Links & Tools”条目，点击“CCDS：CCDS11118.1”，进入相应的详细页面，找到“Nucleotide Sequence（1182 nt）即CDS序列”，找到“Translation（393 aa）即蛋白序列”。另外，在基因相关信息页面，下拉找到“NCBI Reference Sequences(RefSeq)”条目，在“mRNA and Protein(s)”里可以看到有不...