访问NCBI的BLAST+下载页面(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1764/),找到适合Linux的源代码包,通常是一个以.tar.gz结尾的文件。使用wget或curl下载到您的服务器: wget https://ncbi.github.io/blast-plus-book/static/blastplus-2.13.0-src.tar.gz 下载完成后,解压缩文件: tar-zxvf blastplus-2.13....
一:安装blast 1. 下载blast: $wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.9.0+-x64-linux.tar.gz 2. 解压: $tar zxvf ncbi-blast-2.6.0+-x64-linux.tar.gz 3. 将blast添加进环境 $vim ~/.bashrc $export PATH=/data1/spider/ytbiosoft/ncbi-blast-2.8.1+...
1. 下载并安装BLAST+ 打开下载地址:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ # 下载安装包 xjf@ubuntu:~$ wget -c ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.7.1+-x64-linux.tar.gz # 解压 xjf@ubuntu:~$ tar -zxvf ncbi-blast-2.7.1+-x...
NCBI blast 2.12.0Linux (0)踩踩(0) 所需:1积分 tensorflow-2.8.2-cp37-cp37m-manylinux2010-x86-64.whl 2024-12-03 13:57:09 积分:1 tensorflow-rocm-2.12.0.560-cp311-cp311-manylinux2014-x86-64.whl 2024-12-03 13:55:23 积分:1
1. 安装配置BLAST+程序 在ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/中下载最新的BLAST可执行程序(不要下载源代码`,源码编译非常慢),选择预编译版本,如ncbi-blast-2.2.30+-x64-linux.tar.gz。如果服务器能联网,可直接用wget下载。或者,下载后用SFTP客户端传输到服务器上。
[Linux] NCBI BLAST Mgaic Amy DIY爱好者/Need 向上的力量40 人赞同了该文章 ===未完待续 BLAST简介: BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)的英文缩写,意即碱基局部对准检索工具,是一种序列类似性检索工具。它采用统计学记分系统,能将真正配对的序列同随机产生的干扰序列区别开来;同时采用启发式算法系统,即采...
先了解BLAST Databases:BLAST FTP Site 如何下载NCBI blast数据库? NCBI提供了一个非常智能化的脚本update_blastdb.pl来自动下载所有blast数据库。 脚本使用方法: perlupdate_blastdb.pl nr 有哪些可供下载的blast数据库? perlupdate_blastdb.pl --showall ...
required). 下载数据库时，需要用到perl脚本update_blastdb.pl，或使用FTP下载工具 The compressed files downloaded must be inflated with gzip or other decompress tools. The BLAST database files can then be extracted out of the resulting tar file using tar program on Unix/Linux or WinZip...
刚刚Google了一下，可能原因是，blast根本就不是真正支持多线程的，提供两个链接供参考 http://www....
在这里小编以Nucleotide BLAST的操作为例,演示一下如何进行序列比对。点击上图中“Nucleotide BLAST”,打开比对界面,粘贴或者上传需要比对的序列,选择数据库、填入物种,调整各个参数(一般默认即可),点击BLAST进行比对。需要注意的是,在参数调整时,E值是最重要的参数,可以根据情况进行适当的调整。