网页版NCBI BLASTN应用请参考未知基因序列(片段)的NCBI BLAST比对搜索。 二、本地LINUX版BLAST (1) 本地安装Linux版BLAST程序 # 创建环境 conda create -n blast # 激活环境 conda activate blast # 搜索可用的BLAST版本 conda search blast # 安装BLAST conda install blast # 查看安装 blastn -h (2) 建立...
最后,您可以将BLAST+的安装路径添加到系统环境变量中,这样就可以在任何位置运行BLAST+命令了: echo'export PATH=/path/to/ncbi-blast-2.13.0+/bin:$PATH'>>~/.bashrc source~/.bashrc 请将/path/to/ncbi-blast-2.13.0+替换为您实际的安装路径。 以上就是Linux下安装NCBI BLAST+的完整步骤。安装完成后,您就...
1. 安装配置BLAST+程序 在ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/中下载最新的BLAST可执行程序(不要下载源代码`,源码编译非常慢),选择预编译版本,如ncbi-blast-2.2.30+-x64-linux.tar.gz。如果服务器能联网,可直接用wget下载。或者,下载后用SFTP客户端传输到服务器上。 wget ftp://...
一、BLAST+安装 1、linux 安装 (代码可左右滑动,下同) 2、windows 安装 下载地址:https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.7.1+-x64-win64.tar.gz 解压: win+R 快捷键组会进入运行程序。输入cmd进入命令行模式。(下面两图) 先到解压后所在磁盘E盘,然后输入解压后bla...
1. 下载并安装BLAST+ 打开下载地址:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ # 下载安装包 xjf@ubuntu:~$ wget -c ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.7.1+-x64-linux.tar.gz
一:安装blast 1. 下载blast: $wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.9.0+-x64-linux.tar.gz 2. 解压: $tar zxvf ncbi-blast-2.6.0+-x64-linux.tar.gz 3. 将blast添加进环境 $vim ~/.bashrc
好在NCBI很贴心地提供了blast+工具,我们安装好blast+工具和下载好数据库以后,就可以不依赖网页和NCBI地服务器,在本地服务器上运行了。 1 安装blast+ 最新版blast+工具可以通过ftp方式获得,点击这里 我是在集群账户下安装,集群机器都是linux操作系统的,因此我选择的最新linux版本 ...
下面以linux下构建本地分析为例: 1)下载安装完成后,使用BLAST+自带的update_blastdb.pl脚本下载nr和nt等库文件,直接运行下列命令即可自动下载,或者fasta手动格式化数据库。 2)格式化数据库 示例:makeblastdb -in demo.fasta -dbtype prot -parse_seqids -out dbname ...
16、powerPCia32ia64amd64mipsalphalinuxmacoxsolarisirixaixfreebsdwin32hpux403.获取Blast数据库a.直接从ncbi下载/blast/db/b.用Blast程序包提供的formatdb工具自己格式化序列数据成数据库。假设有一序列数据(sequence.fa,多序列,fasta格式),欲自己做成Blast数据库,典型的命令如下:单机版的Blast使用(三)41核酸序列:$...
可惜的是,如果网速不好,80 多 GB 的压缩文件,很难下载下来,最好用我们之前介绍过的 Aspera 软件高速下载,其安装方法见之前文章:Aspera:基因组数据高速下载利器,以 NCBI 和 EBI 数据下载为例 Aspera 下载 nt 库: 代码语言:javascript 代码运行次数:0