首先进行Blast类型的选择: blastp:将待查询的蛋白质序列及其互补序列一起对蛋白质序列数据库进行查询; blastn:将待查询的核酸序列及其互补序列一起对核酸序列数据库进行查询; blastx:先将待查询的核酸序列按六种可读框架(逐个向前三个碱基和逐个向后三个碱基读码)翻译成蛋白质序列,然后将翻译结果对蛋白质序列数据库...
Word size(单词长度):默认为3,对BLASTP而言,大的单词长度会得到更精确的搜索结果。 Max matches in a query range(查询区域内的最大匹配数):有时在感兴趣区域内的匹配会被其他区域出现的频繁匹配所掩盖,这个选项允许抛弃数据库中的冗余匹配。 2.2 scoring parameters(得分参数) Matrix(矩阵):对于BLASTP,共有8个...
DELTA-BLAST全称域增强查找时间加速BLAST,使用保守域数据库搜索的结果构造 PSSM来搜索序列数据库。 选择界面如下图所示: Blastp的Algorithmn parameters设定和Blastn的相似,除了在Scoring Parameter上设置不同。如下:计分矩阵默认BLOSUM62,对于常规的Blastp是最佳选项,可选择PAM30,70,250以及BLOSUM80,62,45,50,90,针对...
干货| NCBI引物设计 Primer-BLAST是NCBI中提供的引物设计工具,将BLAST与全局对准算法相结合,可以一步到位地设计特异性引物,并且可以验证已知引物的特异性,是科研牛马赖以生存的好伙伴。 1.打开NCBI官网,选择BLAST 2.选择Primer-BLAST 3.Primer-BLAST 的输入 进入页面后,具体分为4个部分,分别为PCR Template、Primer P...
BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)是由NCBI(National Center for Biotechnology Information)开发的基于局部比对算法的一组搜索工具。BLAST包含有NCBI的很多数据库。 BLAST主要包括BLASTn,BLASTp,BLASTx,tBLASTn 和tBLASTx。 官网:BLAST: Basic Local Alignment...
一、在线使用NCBIBLAST NCBI提供了一个在线的BLAST界面,用户可以直接在浏览器中使用。具体步骤如下: 1. 打开NCBI网站,点击"Blast"选项卡,然后选择需要比对的序列类型,例如,DNA、蛋白质或者其他。 2. 复制并粘贴待比对的序列到"Enter Query Sequence"文本框中。或者,您也可以选择上传一个FASTA格式的文件。 3.选择...
通过BLAST的结果,可以获得序列的匹配位置、长度、相似性等信息,从而帮助研究人员进行更深入的生物学研究。 二、使用方法 1.打开NCBI网站 首先,打开浏览器,输入NCBI的网址(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/),进入NCBI的官方网站。 2.进入BLAST页面 在NCBI的主页上,找到“BLAST”或“BLAST and Alignments”选项,并...
本文将介绍NCBI BLAST的功能和种类,并深入探讨其在生物信息学和基因组学研究中的应用。 2. BLAST的基本原理 BLAST主要基于两个基本原理:种子匹配和扩展。 2.1 种子匹配 种子匹配是BLAST的第一步,它通过在查询序列中找到与数据库序列具有高度相似性的短片段来加快比对的速度。BLAST使用一种称为k-mer的固定长度子...
NCBI BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)是一种用于比较和识别核酸或蛋白质序列之间相似性的生物信息学工具。它由美国国家生物技术信息中心(NCBI)开发,广泛应用于生物科学研究中。 功能: BLAST的主要功能是在大型数据库中搜索与查询序列相似的序列。它可以快速找出与查询序列具有一定相似度的已知序列,从而帮助研究...