下载blast:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+ 先了解BLAST Databases:BLAST FTP Site 如何下载NCBI blast数据库? NCBI提供了一个非常智能化的脚本update_blastdb.pl来自动下载所有blast数据库。 脚本使用方法: perlupdate_blastdb.pl nr 有哪些可供下载的blast数据库? perlupdate_blastdb.pl -...
在线BLAST明显存在两个缺陷:1.目标序列BLAST后的得到的库序列是多个物种的,如果我们只是要特定物种的话,还需要再自己找。2.如果目标序列有很多,则需要执行很多次,效率低。而本地化的BLAST+能很好的解决上面两个问题。 1.BLAST+的下载与安装 BLAST+下载地址:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+...
Word size(单词长度):默认为3,对BLASTP而言,大的单词长度会得到更精确的搜索结果。 Max matches in a query range(查询区域内的最大匹配数):有时在感兴趣区域内的匹配会被其他区域出现的频繁匹配所掩盖,这个选项允许抛弃数据库中的冗余匹配。 2.2 scoring parameters(得分参数) Matrix(矩阵):对于BLASTP,共有8个...
下载内容见https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/v5/nt-nucl-metadata.json #首先要写一个nt_ftp_download.list,这里面包含nt-nucl-metadata.json中提到的每一个nt.*.tar.gz,类似于:/blast/db/nt.015.tar.gz.md5/blast/db/nt.016.tar.gz.md5/blast/db/nt.003.tar.gz.md5/blast/db/nt.004.tar...
上期主要介绍了NCBI基因界面包含的内容以及如何查找目的序列,本期将介绍NCBI批量下载基因序列和BLAST两个常用功能。 批量下载基因序列 目的基因转录本较多的情况下,一个个点击下载费时费力,这时候就可以使用批量下载的功能。以“人TP53”为例,该基因有25个转录本,进入NCBI主页后在下拉菜单中选择“Nucleotide”,在检索框...
使用NCBI下载工具 NCBI提供了多种工具和资源以便用户能够方便地批量下载数据。例如,NCBI提供的FTP站点(ftp.ncbi.nlm.nih.gov)上包含了许多数据库文件,可以通过FTP客户端软件进行批量下载。此外,NCBI的SRA(Sequence Read Archive)工具和BLAST数据库也提供了专门的下载工具,用户可以根据需要选择合适的工具进行批量下载。
上期主要介绍了NCBI基因界面包含的内容以及如何查找目的序列,本期将介绍NCBI批量下载基因序列和BLAST两个常用功能。 批量下载基因序列 目的基因转录本较多的情况下,一个个点击下载费时费力,这时候就可以使用批量下载的功能。以“人TP53”为例,该基因有25个转录本,进入NCBI主页后在下拉菜单中选择“Nucleotide”,...
上期主要介绍了NCBI基因界面包含的内容以及如何查找目的序列,本期将介绍NCBI批量下载基因序列和BLAST两个常用功能。 批量下载基因序列 目的基因转录本较多的情况下,一个个点击下载费时费力,这时候就可以使用批量下载的功能。以“人TP53”为例,该基因有25个转录本,进入NCBI主页后在下拉菜单中选择“Nucleotide”,在检索框...
序列下载:complete record-file-genebank-create file。亦可先点击左上角“FASTA”、“Graphics”查看序列和序列的图谱概览。下载的序列可以用snapgene查看(软件链接在此)。 3.NCBI数据库常用功能之BLAST BLAST(Basic Local Alignment Search Tool):Find regions of similarity betwe...
【NCBI-BLAST】-- NCBI—Blast 工具介绍 I 用序列查基因 I 目标序列序列比对 I 比对结果分析 I 比对序列下载---时间较长,谨慎食用 40:35 【干货】如何使用NCBI寻找基因DNA、mRNA及蛋白质序列【瞎说的】 13:15 【NCBI查找基因启动子序列】--极简版(没有半句废话!!!) 09:48 【NCBI 外显子序列查找】...