刚才下载的nr库就是蛋白库,blastx就是用来将核酸序列比对到蛋白库上的。(nt就是核酸库) 因为我们下载的是已经建好索引的数据库,所以省去了makeblastdb的过程。 常见的命令有下面几个: -query <File_In> 要查询的核酸序列 -db <String> 数据库名字 -out <File_Out> 输出文件 -evalue <Real> evalue阈值 -...
OSG Blast(V3) ncbi-blast工作流程提交脚本 osg-blast提交工作流以针对大型blast数据库对大型输入查询运行blast搜索。 osg-blast旨在在Open Science Grid和启用了glidein的提交主机(例如xd-login.opensciencegrid.org或login.osgconnect.net)上运行。 它还需要访问提交节点本身上的本地作业执行-对于由于资源占用过多而...
下载链接:Index of /blast/db/FASTA 这两个数据库一直在不断地更新,数据也越来越大,截止到2021年4月,这两数据库压缩包一个95G,一个104G,想要通过网页下载比较困难,所以推荐使用下载工具aspera 所以很必要了解一下NCBI数据下载工具aspera,该软件是由IBM开发,能够最大程度利用宽带速度,下载NR和NT数据库的时候速度...
此外,NCBI的SRA(Sequence Read Archive)工具和BLAST数据库也提供了专门的下载工具,用户可以根据需要选择合适的工具进行批量下载。 一、NCBI下载工具 1.1 使用NCBI FTP站点 NCBI的FTP站点是一个非常丰富的数据资源库,用户可以通过FTP客户端(如FileZilla)或者命令行工具(如wget或curl)来批量下载数据。 使用FileZilla 打开Fi...
3、数据库构建 可以在https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/上下载自己需要的进行构建 因为自己只想做一个简单的实验,就下载了一个很小的vector (1)下载的数据进行格式化 用DOS命令行,转到D:\protein\ncbi-blast-2.9.0\blast-2.9.0+\db文件夹下运行格式化的命令: ...
1.NCBI数据库简介 2.NCBI数据库核酸序列检索、查看与下载 3.NCBI数据库常用功能之BLAST 4.拓展阅读 1. NCBI数据库简介 【网址】https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ NCBI(NationalCenter forBiotechnologyInformation) 可译为国家生物技术信息中心,是美国国家医学图书馆(NLM,Nation...
https://www.ncbi.nlm./IEB/ToolBox/CPP_DOC/lxr/source/src/app/blast/update_blastdb.pl #下载nt库nohup perl update_blastdb.pl --decompress nt >out.log 2>&1 & 好处是非常的简单,下载即用,不用单独再装下载工具。且下载后的nt库不用解压和建index。除nt库外还可以下载ncbi的其他数据库。
1.NCBI数据库简介 2.NCBI数据库核酸序列检索、查看与下载 3.NCBI数据库常用功能之BLAST 4.拓展阅读 1. NCBI数据库简介 【网址】https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ NCBI(National Center for Biotechnology Information) 可译为国家生物技术信息中心,是美国国家医学图书馆(NLM,National Library of Medicine)的一部分,...
/share/work/biosoft/aspera/latest/cli/bin/ascp -v -k 1 -T -l 400m -i ~/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/blast/db/FASTA/nr.gz ./ sra数据库可以利用ascp ENA网站搜索下载: ENA主页ENA搜索SRR号,SRR9169172 命令: /share/work/biosoft/aspera/latest/cli/bin/ascp -...
blast db:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db README:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/README 通过查看README,我们知道nt和nr库的内容:nr是蛋白库(非冗余的),nt是核酸库(部分非冗余的)。 下载blast库 BLAST+程序包中提供了一个脚本update_blastdb.pl可以方便地下载blast数据库。