Expect:表示随机匹配的可能性。E值越小,序列越相似,E值越大,随机匹配的可能性越大。 Identities:序列相似性,匹配上的碱基数占总序列长度的百分数。 Gaps:缺失或插入。用“—”来表示。 综上,该干扰序列可以完全匹配上“人sox4”,且与其他基因不匹配,特异性较好。 本期主要介绍了NCBI批量下载基因序列和BLAST两个...
2.5万 21 09:02 App NCBI快速下载基因信息,同时利用snapgene加快序列查询速度 477 0 02:11 App NCBI上面物种基因组的查找 1176 0 00:53 App 植物基因组数据下载教程#Ensembl Plants#phytozome 2.6万 0 02:56 App Blast多物种同源基因序列 浏览方式(推荐使用) 哔哩哔哩 你感兴趣的视频都在B站 打开信息...
NCBI首页点击右侧菜单“BLAST”进入如下页面。BLAST共有五种程序,通常根据查询序列的类型(蛋白质或核酸)选择程序,每种程序的具体功能见下方表格。 根据上图内容操作,最后点击页面下方的BLAST运行获取比对结果。这里小编以“人sox4”的干扰序列“GGCCCAGGAAGAAGGUGAA”为例(使用在线网站设计),选择blastn程序,粘贴比对序列...
选择“nucleotide BLAST”，将下载的MYH7序列粘贴到查询框中。设置参数后点击“BLAST”按钮，等待结果生成。
一NCBI上下载基因序列mRNACDS序列的方法1.打开NCBI网站,第一个框选择 Gene,第二个框输入基因名称,如 ALK基因,点击 Search。2.进入第二页面后,会看到如下一系列跟ALK基因相关的信息,根据 description
01、下载蛋白序列,输入数据进行Blast 从NCBI下载ALK的完整蛋白序列,并在Align two(or more) sequences using BLAST (bl2seq)界面按照如下设置: 1.由于是人类的蛋白序列比对小鼠cDNA序列,所以比对方式选择tblastn:Search translated nucleotide database using a protein query。
1、下载15-20条hrdb基因的启动子序列,并处理形成一个fasta文件 1.1、以coelicolor A3(2)的hrdb基因为源头,通过blast找到得分最高的前50条序列。Download下载Hit Table(txt)格式的文件,这个文件表头会告诉你每一列显示的是什么。 接下来用excel打开这个文件,首先把 alignment length小于1500bp的全部删掉,找到subject ...
批量从NCBI下载指定物种中指定基因的序列 在很多文献中比较常见的一种思路是:通过一个query序列在不同物种中进行blast搜索,获取基因组上大致的范围,然后用进行基因预测,如果是新测的物种,那么由于NCBI上没有这一物种的注释结果,我们只能这么做。但是如果我们要在已经发表的基因组中看某一个基因的情况的话,最好先在...
初步了解PP2C家族的信息后,如果关注某一个基因可以直接点进去看。举例点开AHG1这个基因,可以看到这个基因的详细信息。如果要下载这个基因的蛋白序列可以通过点击protein选项获取基因序列,点击Send to Blast按扭,在弹出的页面中可以直接复制该序列粘贴到文本文件中去。这样就获得了AHG1基因的序列信息。
常用网站介绍｜基因宝库之NCBI篇（三）上期主要介绍了NCBI批量下载基因序列和BLAST两个常用功能，本期将介绍使用NCBI查询文献和及时获取最新研究论文的方法。进入主页，在下拉列表中选择PubMed，在检索框中输入关键词搜索文章。1.精确查找 这里以“TP53”为例，下图为文献搜索的详情界面。左侧柱状图为每年发表的相关文献...