在线BLAST明显存在两个缺陷:1.目标序列BLAST后的得到的库序列是多个物种的,如果我们只是要特定物种的话,还需要再自己找。2.如果目标序列有很多,则需要执行很多次,效率低。而本地化的BLAST+能很好的解决上面两个问题。 1.BLAST+的下载与安装 BLAST+下载地址:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+...
下载blast:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+ 先了解BLAST Databases:BLAST FTP Site 如何下载NCBI blast数据库? NCBI提供了一个非常智能化的脚本update_blastdb.pl来自动下载所有blast数据库。 脚本使用方法: perlupdate_blastdb.pl nr 有哪些可供下载的blast数据库? perlupdate_blastdb.pl -...
方法二:update_blastdb小工具下载 该工具为NCBI官方提供,其下载链接如下 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/IEB/ToolBox/CPP_DOC/lxr/source/src/app/blast/update_blastdb.pl #下载nt库nohup perl update_blastdb.pl --decompress nt >out.log 2>&1 & 好处是非常的简单,下载即用,不用单独再装下载工具。且...
配置好之后,使用BLAST+自带的update_blastdb.pl脚本下载nr和nt等库文件(不建议下载序列文件,一是因为后者文件更大,二是因为可以从库文件中提取序列blastdbcmd -db nr -dbtype prot -entry all -outfmt "%f" -out nr.fa,最主要是建库需要花费很长时间),直接运行下列命令即可自动下载。 update_blastdb.pl nt ...
1. 下载并安装BLAST+ 打开下载地址:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ # 下载安装包 xjf@ubuntu:~$ wget -c ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.7.1+-x64-linux.tar.gz
但是NCBI网站的BLAST在线工具有个让人特别无语的缺点:国内访问速度巨慢!不仅仅是比对过程慢,一条序列还好,大批量数据比对就不要想了,有的时候网页都打不开一直转圈圈。因此本地化blast工具还是很有必要的。 好在NCBI很贴心地提供了blast+工具,我们安装好blast+工具和下载好数据库以后,就可以不依赖网页和NCBI地...
README:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/README 通过查看README,我们知道nt和nr库的内容:nr是蛋白库(非冗余的),nt是核酸库(部分非冗余的)。 下载blast库 BLAST+程序包中提供了一个脚本update_blastdb.pl可以方便地下载blast数据库。 首先用以下命令查看有哪些数据库可供下载: ...
第一步按windows+R,如果不出现的话是不是得装ncbi-blast软件。 BLAST: Basic Local Alignment Search Tool (nih.gov)blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 若安装参考 芜杜:【学习记录】BLAST+简介、安装与使用37 赞同 · 11 评论文章 1、按windows+R,输入cmd,点击确定 ...
一、BLAST+安装 1、linux 安装 (代码可左右滑动,下同) 2、windows 安装 下载地址:https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.7.1+-x64-win64.tar.gz 解压: win+R 快捷键组会进入运行程序。输入cmd进入命令行模式。(下面两图) ...
blast db:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db README:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/README 通过查看 README,我们知道 nt 和 nr 库的内容:nr 是蛋白库(非冗余的),nt 是核酸库(部分非冗余的)。 下载blast 库 BLAST+程序包中提供了一个脚本update_blastdb.pl可以方便地下载 blast数据库。