以下是BLAST输出结果中的重要部分: 1.查询信息: 在输出结果的第一部分,会显示关于查询序列的信息,如查询序列的名称、长度以及描述。这些信息可以帮助确认你是否正确提交了查询序列。 2.数据库信息: 在查询信息的下方,输出结果会提供关于目标数据库的信息,包括数据库的名称、大小以及参与比对的序列数目。这些信息可以...
点击BLAST运行,等待,,, 检索结果显示 检索结果解读(重点看5、8、9三个指标) Description:如果结果中出现过多hypothetical protein假设蛋白、Unnamed protein product未命名蛋白、Putative uncharacterized protein(未表征蛋白)等结果,表明进行比对的数据库不太合适,检索结果意义不大。 Scientific Name :学名 Common Name :...
1.NCBI中Blast可以用来进行序列比对、检验引物特异性Blast导航主页面主体包括三部分BLAST Assembled Genomes选择你要对比的物种，点击物种之后即可进入对比页面Basic BLAST 包含5个常用的Blast，每一个都附有简单介绍Specialized BLAST 是一些特殊目的的Blast。2.Blast导航王页面王体包括三部分，BLAST Assembled Genomes 选择...
为了更好地理解NCBI BLAST输出结果,需要了解输出结果的基本结构、匹配结果的意义以及其他可能对研究有帮助的信息。 NCBIBLAST的输出结果通常分为四个主要部分:1.查询标题和信息;2.对于每个匹配,给出的序列标识、匹配得分和e值;3.每个匹配的序列比对详情,包括片段的位置和相似性比例;4.其他比对相关的统计信息。 3....
BLAST比对的基本过程是它首先找出查询序列和目标序列间所有匹配程度超过一定阈值的片段对,然后对片段对根据给定的相似性阈值进行延伸,得到一定长度的相似性片段,最后给出高分值片段对。 3. BLAST结果的描述区域。 我用Guc的样本ITS2序列进行了blast, Score: 序列比对过程中计算的得分值,得分越高,序列匹配结果越好; E...
如何看懂NCBI-BLAST输出结果由于blast是区段比对对于给定的两个序列blast会把具有相识性的片段hit找出来显示的是hit的信息所以判断两个序列的相似性不但要看比对上的片段hit的得分还要看hit覆盖你输入序列的范围正因24为此这部分图形显示部分就像整个报告的鸟瞰图一样hit在你输入序列上的分布 如何看懂NCBI BLAST输出结果...
如何看懂NCBI BLAST输出结果 解读报告前需要掌握的概念 alignments 代表比对上的两个序列 hits 表示两个序列比对上的片段 Score 比对得分,如果序列匹配上得分,不一样,减分,分值越高,两个序列相似性越高 E Value 值越小,越可信,相对的一个统计值。 Length 输入序列的长度...
1.打开blast(https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) 2.输入比对序列及参数 3. BLAST结果分析 一般评价一个blast结果的标准主要有三项,E值(Expect),一致性(Identities),缺失或插入(Gaps)。通用还会额外加上序列长度(length)。 Score:序列比对过程中计算的得分值,得分越高,序列匹配结果越好。
通过BLAST的结果,可以获得序列的匹配位置、长度、相似性等信息,从而帮助研究人员进行更深入的生物学研究。 二、使用方法 1.打开NCBI网站 首先,打开浏览器,输入NCBI的网址(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/),进入NCBI的官方网站。 2.进入BLAST页面 在NCBI的主页上,找到“BLAST”或“BLAST and Alignments”选项,并...
p=1632 写在解读报告之前的,首先就使用Blast最终的目的是什么达成一致,Blast是 通过两两比对,找到数据库中与输入序列最相似的序列,或者说是最相似的序 列片段。那么我们看比对结果就是看Blast从数据库中找到哪些相似的序列,然 后就是如...