每个样本中发现了大约150个CNVs,包括损失、增益和扩增。结合RNA-seq结果鉴定了对照组和NAFLD组之间的差异CNVs, 22个具有差异CNVs的deg(包括12个上调基因和10个下调基因)与NAFLD有关。在比较sv影响的DEGs时,同时鉴定出Cntnap2、Mrgpra2b、Hist1h4n、Hist1h2br、Hist1h2ao、Pde4b、Gsta1、Gm3776、Kcnh1和Camk1d...
1.下丘脑Gpr75细胞的单细胞 RNA-seq和组织化学特征 研究首先分析了Gpr75 mRNA在小鼠中的表达,发现它在大脑中表达最丰富,且广泛分布于整个大脑,包括但不限于与肥胖和食欲相关的下丘脑区域。单细胞RNA测序数据显示,下丘脑中Gpr75阳性...
作者观察到RPA1定位到ATAC-seq的获得-闭合区域和与脂代谢相关的基因调控区域,如Acsl1和Echs1,但不会和与肝脏炎症和纤维化相关的基因区域结合,如Col1a1和Timp2。 图7 RPA1调控染色质可及性和基因转录的示意图模型。 该研究发现HNF4A是RNA-seq鉴定的...
根据基因丰度绘制火山图,发现在Cyp7a1下调的同时,Cyp7b1显著上调,这表明在HDCA干预下,BA的生物合成过程从经典途径转向了替代途径。qPCR 和蛋白质印迹分析也验证了 RNA-seq 的结果,即 CYP7A1 下调的同时 CYP7B1 表达显着上调。作者通过腺相关病毒(AAV)在小鼠肝脏对Cyp7b1进行敲低和过表达, HFD喂养20周的小鼠注...
这些结果表明HDCA 缓解了 NAFLD 表型。图1. HDCA减弱NAFLD相关代谢表型 为了研究HDCA或猪胆粉对整体表达的影响并确定其潜在的分子靶标，作者利用对照组、HFD组、HFD +猪胆粉组和HFD + HDCA组的肝组织进行RNA测序（RNA-seq）分析。基因分层聚类数据显示，除HFD组外，对照组、HFD+胆粉组和HFD+HDCA组都聚类在一...
为了深入了解在NAFLD-HCC细胞中被METTL3干扰的分子事件,我们对敲除或不敲除METTL3的HKCI2细胞进行了整合RNA-seq和m6A测序(m6A-seq)。在METTL3敲除细胞中,共有149个基因下调,192个基因上调 (图S5A)。差异表达基因的途径富集显示胆固醇生物合成是最富集的途径(图5A)。火山图显示,METTL3基因敲除细胞中胆固醇生物合成...
qPCR 和蛋白质印迹分析也验证了 RNA-seq 的结果,即 CYP7A1 下调的同时 CYP7B1 表达显着上调。作者通过腺相关病毒(AAV)在小鼠肝脏对Cyp7b1进行敲低和过表达, HFD喂养20周的小鼠注射AAV,随后给予HDCA或猪胆粉处理8周,发现HDCA 或猪胆粉的治疗效果在shCyp7b1小鼠中有所下降。当肝脏Cyp7b1被敲低时,干预组...
通过RNA-seq分析,研究人员进一步揭示了不同药物对类器官转录组的影响。ACC和FAS抑制剂不仅下调了与糖酵解和脂肪酸合成相关的基因表达,还抑制了与细胞周期和DNA合成相关的基因,提示这些药物可能具有潜在的副作用,如抑制肝细胞增殖和再生能力(图4b, c, d, e)。相比之下,FXR激动剂和FGF19主要通过诱导FGF19信号通路...
1. 首先,我们对HDCA干预后的小鼠肝脏,进行RNA-seq 2. 进一步,我们将测序数据中的转录因子部分单独筛选出来,进行统计分析 3. 结合KEGG数据库,将RNA-seq数据中的功能通路进行分析,综合确定被HDCA影响最大的通路是PPAR通路 Q7 HDCA和PD菌的关系怎么发现的?
qPCR 和蛋白质印迹分析也验证了 RNA-seq 的结果,即 CYP7A1 下调的同时 CYP7B1 表达显着上调。作者通过腺相关病毒(AAV)在小鼠肝脏对Cyp7b1进行敲低和过表达, HFD喂养20周的小鼠注射AAV,随后给予HDCA或猪胆粉处理8周,发现HDCA 或猪胆粉的治疗效果在shCyp7b1小鼠中有所下降。当肝脏Cyp7b1被敲低时,干预组...