对于常见的qPCR和转录组结果不一致有以下几种可能的原因: 1. 用于qPCR定量检测的基因,虽然差异分析时的差异倍数高,但是本身表达量偏低,导致qPCR定量检测时CT值较高,误差较大;挑选的基因差异倍数较低或者FDR值较高,差异不显著。 2. qPCR验证和测序的样品是否相同?RNA的表达具有时空特异性,同一批次的不同样本的mRNA...
4.3. FDR < 0.05 通过将FDR截止值设置为 < 0.05,我们是说我们预期差异表达基因中的假阳性比例为 5%。例如,如果您将 500 个基因称为差异表达,FDR截断值为 0.05,您预计其中 25 个是假阳性。
a、汇总饼图显示了rMATS-turbo在PC3E和GS689细胞系中识别出的总可变剪接事件,在筛选掉任一样本组支持度<10次的事件以及PSI值极端(平均PSI值<0.05或>0.95在两个样本组中均出现)的情况下。b、汇总饼图显示了rMATS-turbo在PC3E和GS689细胞系之间识别出的差异可变剪接事件,在筛选FDR值(≤0.01)和rMATS-turbo报告的...
横轴表示the fold change,偏离中心越远的点,表示差异倍数越大;纵轴表示FDR adjusted p-value,越靠近顶部的点表示在两个样本中的表达差异越显著。红色的点代表上调,蓝色代表下调,灰色代表无差异基因。 3.2 聚类分析图,寻找相似性和相近关系 每一行代表不同的基因,每一列代表不同的样本。红色代表基因在样品中高表达...
首先对富集结果进行条件筛选,一般认为|NES|>1,NOM pvalue<0.05,FDR(padj)<0.25的通路是显著富集的;还可以从结果中细分出上下调通路单独绘图,以下代码仅展示KEGG通路富集结果的上调通路。 gseaplot2()函数既可以对单独的通路绘图,也可以合并几个通路一起绘图;各类详细参数设置见以下代码处 ...
一般认为|NES|>1,p-value<0.05,FDR<0.25的通路是显著富集的。|NES|值越大,FDR值就越小,说明分析的结果可信度越高。 2. 创建GSEA分析所需的geneList 在了解了GSEA基本概念后就可以正式开始实操了,首先需要将基因按照在两类样本中的差异表达程度排序。下面我们构建包含了geneList,里面含有从大到小排序的log2Fold...
|NES|>1,p-value<0.05,FDR<0.25的通路是显著富集的。 |NES|值越大,FDR值就越小,说明分析的结果可信度越高。2. 创建GSEA分析所需的geneList在了解了GSEA基本概念后就可以正式开始实操了,首先需要将基因按照在两类样本中的差异表达程度排序。 下面我们构建包含了geneList,里面含有从大到小排序的log2FoldChange...
接下来,我们要查看treat versus control的总体结果,并根据p-value进行重新排序。利用summary命令统计显示一共多少个genes上调和下调(FDR0.1) res = results(dds, contrast=c("condition", "control", "treat")) res = res[order(res$pvalue),] head(res) ...
4、差异基因筛选(Dif Gene Analysis)采用DESeq2/DESeq/EBSeq/EdgeR/Limma等算法进行差异筛选,得到满足差异倍数(Fold Change)以及FDR阈值的差异基因,并基于差异筛选结果以及样本的FPKM或RPKM,进行火山图分析(Volcano Plot)以及聚类图分析(Heatmap)。 差异基因的火山图和聚类图 liu et al., Nature, 2016 注:左图为...
在RNA-seq分析中,进行多重假设检验时,需要考虑假阳性率(FDR)。FDR是指在声称显著的基因中实际是假阳性的比例。为了控制FDR,可以使用本雅明尼-霍赫伯格法或控制FDR法等方法。 生物学相关性 除了统计和倍数变化考虑因素之外,在确定DEG时还应考虑生物学相关性。这包括评估基因的已知功能以及与其他基因的表达模式相关性...