在进行dif-lncRNA-miRNA-dif-mRNA复合网络构建时,计算lncRNA和mRNA的Pearson相关系数,并进行相关性检验,是不可或缺的一步,一般我们更关注lncRNA-mRNA正相关表达关系,筛选出的r> 0.6且p value < 0.05的lncRNA-mRNA,被认为极显著相关的lncRNA-mRNA共表达正相关关系。 后续我们借助Cytoscape才能得到如下的dif-lncRNA...
❝ 本文简单的介绍mRNA,miRNA,lncRNA及circRNA组测序原理、生信常规分析。 ❞ 转录组测序简介 「转录组」(Transcriptome)是组织中单个或一组细胞某个状态下DNA转录出的所有RNA集合,所有RNA可分为「编码RNA」(mRNA)和「非编码RNA」(miRNA , piRNA, SiRNA, SnRNA,lncRNA, NAT, eRNA, circ RNA, ceRNAs等等)...
http://funrich.org/download 输入数据 mRNA的gene symbol,这里输入了8个: TTK, PTTG1, MYBL2, EZH2, CENPA, CDCA8, CDCA7,AURKA 输出数据 gene和miRNA的对应关系表格。 使用方法很简单,鼠标点几下就完事。具体可以自己摸索或看视频 2.数据整理
siRNA介导的靶标mRNA剪切需要引导链和靶标链精确互补配对,但与此不同,miRNA只需要引导链和靶标链在配对时横跨靶标mRNA的种子片段(核苷酸2至8位),从而抑制翻译、导致降解。Dicer和Ago这两种酶类物质参与介导miRNA的生成,并将前体miRNA转化成为成熟的miRNA,随后成熟miRNA...
两列,一列是gene,一列miRNA,每对mRNA-miRNA组合占一行,形如: 思路 1.第二列miRNA进行分割,分隔符为; 2.每个基因对应多少个miRNA,就重复多少次放在第一列。 3.miRNA依次排列即可。 代码实现 输入数据可以自己编一个。也可以在生信星球公众号回复“mi636”获得。
many drugs were identified for the genes in three mRNA-miRNA bipartite networks. Then, the Cytoscape (Version 3.8.2) was utilized to visualize these data through the drug-gene networks. In the drug-gene network for NBMSC-PBC, some genes had more than one drug. In addition, some drugs reg...
转录组-表达谱-miRNA与mRNA联合分析方案 mRNA与miRNA联合分析：
miRNA是一种非编码RNA,其长度通常在21-25个核苷酸之间。miRNA可以通过抑制mRNA的翻译或降解mRNA来调节蛋白质的表达水平。miRNA在生物体内扮演着重要的调节基因表达的作用,参与了许多生物学过程,如细胞周期、细胞分化、细胞凋亡等。mRNA是一种编码RNA,其长度通常在几百到几千个核苷酸之间。mRNA是从DNA转录而来的,它携带...
基迪奥成立至今一直致力于为广大科研工作者提供高通量测序服务,王牌产品众多,基于miRNA的联合分析就是其中一份,除了关联mRNA和ncRNA,其他组学的加入,更加丰富了经典的miRNA调控研究内容。今天为大家带来的文章是基迪奥客户近期发表的miRNA+转录组+脂质组联合分析一篇高分好文。
1、在GEO数据库上搜索相关的miRNA和mRNA数据，然后下载整理进行差异分析 2、对差异的miRNA进行GO、KEGG富集分析 3、对差异基因进行PPI分析并筛选出重要的子网络，同时也对差异基因进行GO、KEGG富集分析 4、构建miRNA-mRNA网络 5、对网络中的差异基因进行生存分析 总结：这篇文章发文思路比较简单，文章图片清晰整洁，...