devtools::install_github("cole-trapnell-lab/monocle-release@develop") 再手动装这几个包 BiocManager::install(c("leidenbase","viridis","biocViews","RANN")) 安装monocle2 devtools::install_local("/gss1/home/yfwulab04/2023/00.software/monocle2/monocle_use.tar.gz") 最后可以正常使用 一键运行mono...
# step1:按照正常方式安装monocle包(2.26.0),以安装相关依赖包 BiocManager::install("monocle") # step2:单独卸载monocle包 remove.packages("monocle") # step3: 手动安装上述修改好的monocle包 install.packages("monocle_2.26.0.tar.gz", repos = NULL) library(monocle) conda install conda-forge::r-rcpp...
那么如果是R4.3,总不能为了monocle降级吧,我们测试发现monocle 2.32.0 在R 4.3中Ordercell没有问题,BEAM有问题,所以对2.32.0也做了修改版,让其在R 4.3中运行无障碍。(注意了:包修改的是它本身的问题,如果是因为流程或者数据的错误,需要自行检查) 接下来走走monocle2的流程吧,这里为了方便,数据也小,我们直接包...
安装成功 但是在R里加载会出现 ERROR :object ‘clusterApply’ is not exported by 'namespace:BiocGenerics' 解决办法: 移除conda 安装的包 conda remove bioconductor-monocle 根据官网安装方法,进入R里安装 if (!require("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("m...
PyMol是一个类似于VMD的分子可视化工具，也是在PyQt的基础上开发的。但是由于其商业化运营，软件分为了教育版、开源版和商业版三个版本。其中教育版会有水印，商业版要收费，但是官方不提供开源版本的安装方法。按照参考链接1的内容，可以在Windows系统上面安装一个开源版本的PyMol，但是该发行版只有Windows平台的编译包...
#monocle pieline function#pay attention---Seuratobject version 5.0.0ks_run_Monocle2 <-function(object,#seurat obj or expression matrix (建议数据格式转为matrix,如果数据量大转化为稀疏矩阵as(as.matrix(data), "sparseMatrix"))layer,#used when object is a seurat objassay,#used when object is a...
monocle2 安装 记录 【倒霉bug】24/02/26_不存在叫‘qlcmatrix’这个名字的程辑包-CSDN博客 monocle的一些报错 - 哔哩哔哩 (bilibili.com) 下载2.24.0 源包,修改R文件夹中 order_cell.R \ Beam.R # order_cell.R# 原来:if(class(projection)!='matrix')# 直接注释掉或者删除 这行# if(class(...
继续安装monocle3失败报错: devtools::install_github('cole-trapnell-lab/monocle3') 看样子是cluster_cells.R出了问题,然而并不知道这种问题怎么解决,google也没搜到,到github上搜到一个issue https://github.com/cole-trapnell-lab/monocle-release/issues/351那就学着人家那样,把源码clone下来,然后试试看修改...