最近使用monocle包的orderCells() 函数出现了问题,发现有人已在github提出了相应的解决方案,并提供了更新后的包的源代码。 https://github.com/cole-trapnell-lab/monocle-release/issues/434https://github.com/cole-trapnell-lab/monocle-release/files/10134172/monocle_2.26.0.tar.gz 基于上述,总结安装经验如下...
采用自动安装的方法,把需要的拓展包装上 devtools::install_github("cole-trapnell-lab/monocle-release@develop") 再手动装这几个包 BiocManager::install(c("leidenbase","viridis","biocViews","RANN")) 安装monocle2 devtools::install_local("/gss1/home/yfwulab04/2023/00.software/monocle2/monocle_use....
继续安装monocle3失败报错: devtools::install_github('cole-trapnell-lab/monocle3') 看样子是cluster_cells.R出了问题,然而并不知道这种问题怎么解决,google也没搜到,到github上搜到一个issue https://github.com/cole-trapnell-lab/monocle-release/issues/351那就学着人家那样,把源码clone下来,然后试试看修改...
软件分为了教育版、开源版和商业版三个版本。其中教育版会有水印，商业版要收费，但是官方不提供开源版本的安装方法。按照参考链接1的内容，可以在Windows系统上面安装一个开源版本的PyMol，但是该发行版只有Windows平台的编译包。所以如果需要在Linux上安装PyMol，就只能在Github上面下载源码进行编译构建。