从0开始新建monocle2分析环境 以下介绍的是,在已经有了一个修改好的monocle2包,如何安装。注意R版本 安装基础环境 mamba create -n differentiationmambaactivate differentiation mamba config --add channels bioconda mamba install r-base=4.2.3 mamba install -c bioconda -y r-devtools mamba install -c bioconda...
首先说结论,为什么终极修改包有些人出错,有些人不出错。经过我们的测试发现,安装monocle 2.26.0修改版在R 4.2中,无论是服务器还是本地电脑的运行中,ordercell和BEAM都不会出此案错误,但是在R 4.3中,ordercell没有问题,BEAM依然报错,可见2.26.0修改版与R版本有些关系。那么如果是R4.3,总不能为了monocle降级吧,...
library(monocle) conda install conda-forge::r-rcppeigen #done conda install conda-forge::r-fastica #done conda install conda-forge::r-rtsne #done conda install conda-forge::r-slam #done conda install conda-forge::r-ddrtree #done conda install conda-forge::r-igraph #going chidm 2 conda...
monocle的一些报错 - 哔哩哔哩 (bilibili.com) 下载2.24.0 源包,修改R文件夹中 order_cell.R \ Beam.R # order_cell.R# 原来:if(class(projection)!='matrix')# 直接注释掉或者删除 这行# if(class(projection) != 'matrix')# Beam.R# 原来:if(progenitor_method=="duplicate")# 改为:if('duplicat...
PyMol是一个类似于VMD的分子可视化工具，也是在PyQt的基础上开发的。但是由于其商业化运营，软件分为了教育版、开源版和商业版三个版本。其中教育版会有水印，商业版要收费，但是官方不提供开源版本的安装方法。按照参考链接1的内容，可以在Windows系统上面安装一个开源版本的PyMol，但是该发行版只有Windows平台的编译包...
看样子是cluster_cells.R出了问题,然而并不知道这种问题怎么解决,google也没搜到,到github上搜到一个issue https://github.com/cole-trapnell-lab/monocle-release/issues/351那就学着人家那样,把源码clone下来,然后试试看修改一下。 安装Github桌面版,然后Clone到自己的一个文件夹后,没有改源码,而且不知道怎么手...