“Variation in miRNA”部分则介绍了在miRNA种子区域的SNP数目,成熟miRNA的SNP数目,在种子区域中与疾病相关的SNP数目(DRV)以及在成熟miRNA中,与疾病相关的SNP数目。 然后也展示了hsa-miR-10b-5p在各种肿瘤中的表达量,以及在CCLE和NCI60细胞系数据库中,药物敏感性与miRNA表达量的相关性,并显示了最为显著地几个药物。
主角:miRNA &单核苷酸多态性(SNP) miRNA本身长度才21个核酸左右,一个核酸发生变化,A变成G,T变成C,很有可能会影响它与靶基因的结合。那么如何对这一现象进行研究呢? 参考的这篇文章是2019年发表在《OncoTargets and Therapy》上的,影响因子3.046分。 从标题我们就可以看到这篇论文的主要内容是miRNA-499的参考SNP(...
MirSNP数据库就是一个存储了miRNA相关SNP位点的数据库,网址如下 http://bioinfo.bjmu.edu.cn/mirsnp/search/ 该数据库中包含两种miRNA相关的SNP位点,一种是位于pre-miRNA的gene上的SNP位点,这些SNP位点直接对miRNA的生成产生影响,分析过程示意如下 直接根据miRNA前体基因的染色体位置进行查找,筛选出位于该区域的SNP位...
结果显示,所有样本SNP均成功分型。miRNA-196a2 SNP位点rs11614913等位基因为T/C,病例组等位基因T频数110(56.1%),对照组131(44.3%),两组T/C频率分布差异有统计学意义(χ2= 6.64,P= 0.010),该位点等位基因T可能是CSU发生的危险因素(OR= 1.61,95%CI:...
PolymiRTS 数据库是一个miRNA 相关snp 位点的数据库,链接如下: http://compbio.uthsc.edu/miRSNP/ 数据库中收录的snp位点可以分成两种: 1)snp 位点发生在 mRNA 上,包括实验支持和预测的miRNA-mRNA 靶标关系 2)snp 位点发生在 miRNA 上,miRNA seeds ...
来自中科院上海生命科学研究院的沈南教授的研究组对miRNA介导的编码区同义SNP的功能进行了深入的研究。 通过结合生物信息学分析,研究组对报告基因荧光素酶(luciferase)的编码区进行定点突变(同义突变),使其与miR-10a的“种子区域”完全配对。 研究人员在对293T细胞的miR-10a的表达水平进行定量,发现293T细胞内源性表达...
miRNASNP数据库构建与使用 miRNASNP数据库构建与使用评分: miRNASNP数据库构建与使用,柳纯洁,郭安源,MicroRNAs(miRNAs)被认是因表达重要调控原件通过特异合信使RNA(mRNA)的3'非编码区域(3'UTR),参众多生物过程单核苷酸多态性(SNPs)是指因组上特� 首发论文2020-01-02 上传大小:975KB...
(2015) An update of miRNASNP database for better SNP selection by GWAS data, miRNA expression and online tools. Database (Oxford) 2015: bav029.Gong J, Liu C, Liu W, Wu Y, Ma Z, Chen H, Guo A-Y. An update of miRNASNP database for better SNP selection by GWAS data, miRNA ...
MicroRNAs (miRNAs) related single-nucleotide variations (SNVs), including single-nucleotide polymorphisms (SNPs) and disease-related variations (DRVs) in miRNAs and miRNA-target binding sites, can affect miRNA functions and/or biogenesis, thus to impact on phenotypes. miRNASNP is a widely used data...