在该论文中,作者利用RNA-seq和miRNA-seq分析揭示了杨树患病叶片中差异表达的基因以及miRNA。其中,miRNA-seq数据分析显示在短期病叶(SD,有新出现的轻微花叶症状)中共鉴定到84个差异表达的miRNA,在长期病叶(LD,具有典型且显著的花叶症状)中共鉴定到89个差异表达的miRNA。这些差异表达的miRNA中有78个是已知的,它们属于...
miRNA-seq是一种建库方法和数据处理上都稍有特殊的一种测序方法。它的原理是首先提取短链RNA,直接在RNA两端连接接头后建库,然后对所有小RNA进行一起测序,通过数据处理提取出其中潜在的miRNA并进行表达量分析。由于小RNA的长度都很短,所以50bp长的单端测序已经足够可以获得全长序列。 但是值得一提的是,miRNA-seq的数...
miRNA测序的基本原理是通过高通量测序技术对miRNA进行全长测序,然后根据序列特征和已知的miRNA数据库进行注释和定量分析。miRNA测序可以分为两种方法:小RNA-seq和miRNA-seq。 1. 小RNA-seq: 小RNA-seq是对全长小RNA进行测序。首先,从细胞或组织中提取总RNA,然后通过RNA聚合酶II反转录合成cDNA,构建文库。接着,对文...
Conesa A , Madrigal P , Tarazona S , et al. A survey of best practices for RNA-seq data ...
微小RNA测序(miRNA-Seq)是一种用于研究微小RNA(miRNA)表达的高通量测序技术。miRNA是一类短小的非编码RNA分子,在基因调控、细胞生命周期、发育和疾病等多个生物学过程中发挥重要作用。 技术原理: miRNA是一类长度约为20-25个核苷酸的非编码RNA分子,能够通过与靶基因的mRNA结合,调控基因表达。 分析流程: 1)数据预处理...
2. 成熟的miRNA序列以及miRNA*序列只能由sRNA-seq来确定。 3.miRNA/miRNA* duplex包含不大于5个碱基的错配,并且最多只有一个非对称的突起,这个突起最多包含3个突起的核苷酸。 4.比对到预测前体上的sRNA-seq reads必须有75%的比例是精确的来自成熟的miRNA或者miRNA*,这些reads包含在miRNA和miRNA*序列上有一个错配...
miRNA-seq 是为检测 miRNA 的表达情况发展出来的高通量测序方法。miRNA 的 5 ' 端为 -PO4 基团,3 ' 端为 -OH 基团,可以直接用于连接反应。另外其长度为特征性的 18-30 nt,因此通过直接对 total RNA 进行连接反应,并回收插入长度在 18-35nt 的片段,就可以富集 miRNA、建库测序,并分析 miRNA 的表达情况...
前期数据:如果我们做过miRNA-seq或者miRNA芯片,可以从其中寻找在对立组的样本中有差异的miRNA进行研究。当然,测序或者芯片得到的差异需要经过qPCR验证后才可以进行后续的工作。 数据库资源:除了自己前期做的数据,还可以从数据库中寻找miRNA测序或者芯片的数据,自己分析选出有差异的miRNA。
预测新miRNA有以下两种原理: 原理一是non-sequencing,即直接在库中利用sequence找相似miRNA的片段,根据该片段序列对应的结构信息,推测该miRScan的结构,从而得到该未知miRNA的茎环结构、茎环范围、五连体、凸起和额外pair sequence的信息。 原理二是sequencing,即因为NGS的推广而出现的miRNA-seq,通过bioinformation来得到其表...