在该论文中,作者利用RNA-seq和miRNA-seq分析揭示了杨树患病叶片中差异表达的基因以及miRNA。其中,miRNA-seq数据分析显示在短期病叶(SD,有新出现的轻微花叶症状)中共鉴定到84个差异表达的miRNA,在长期病叶(LD,具有典型且显著的花叶症状)中共鉴定到89个差异表达的miRNA。这些差异表达的miRNA中有78个是已知的,它们属于...
miRNA-seq是一种建库方法和数据处理上都稍有特殊的一种测序方法。它的原理是首先提取短链RNA,直接在RNA两端连接接头后建库,然后对所有小RNA进行一起测序,通过数据处理提取出其中潜在的miRNA并进行表达量分析。由于小RNA的长度都很短,所以50bp长的单端测序已经足够可以获得全长序列。 但是值得一提的是,miRNA-seq的数...
1. miRNA/miRNA* duplex在其3‘端有两个碱基的突出并且miRNA的前体长度不大于300nt。 2. 成熟的miRNA序列以及miRNA*序列只能由sRNA-seq来确定。 3.miRNA/miRNA* duplex包含不大于5个碱基的错配,并且最多只有一个非对称的突起,这个突起最多包含3个突起的核苷酸。 4.比对到预测前体上的sRNA-seq reads必须有75%...
其原理十分简单,使用最为广泛,具体方法可以参见本公众号以前的文章。 ②RNA-Seq分析 RNA-Seq是在细胞整个转录组水平研究RNA表达量变化的方法,其比较适合研究miRNA与多个mRNA的调控关系,可以用于预测miRNA,筛选miRNA的候选调控基因等。 NO2.蛋白层面 ①双荧光素酶法分析 双荧光素酶法可以直接从蛋白水平检测shRNA或...
RNA-seq分析表明，RBV也影响特定pre-mRNA中短内含子的剪接。综上，作者提出RBV在miRNA的转录、D-body的组装、以及AGO1蛋白的装载等过程中的作用模型。RBV在miRNA生物发生中的作用模型。深圳大学副研究员梁超和深圳大学博士后蔡强（现为福建农林大学副教授）为论文并列第一作者；深圳大学莫蓓莘和加州大学河滨分校陈雪梅...
预测新miRNA有以下两种原理: 原理一是non-sequencing,即直接在库中利用sequence找相似miRNA的片段,根据该片段序列对应的结构信息,推测该miRScan的结构,从而得到该未知miRNA的茎环结构、茎环范围、五连体、凸起和额外pair sequence的信息。 原理二是sequencing,即因为NGS的推广而出现的miRNA-seq,通过bioinformation来得到其表...
miRNA通常是利用RT-qPCR和芯片来研究的,但西北大学NUSeq核心实验室的主任Xinkun Wang指出,这些技术只能分析已知的miRNA种类,不能探索新东西。“有了miRNA测序(miRNA-Seq),你就可以发现一些新东西。” 尽管miRNA的测序在本质上与其他RNA相同,但样本处理时的一些步骤却是不同的。这篇文章将介绍一些最新的方法,帮助你...
图1概括了small RNA测序(sRNA-seq)文库制备的流程。除了SMARTer smRNA-Seq kit是采用无需连接的tailing方法,其他试剂盒都采用连接方法将3’和5’接头与miRNA连接。不过,在QIAseq操作中,RT阶段引入了一段特异性的分子条形码(UMI,橙色虚线),从原理上可以实现低起始量样本更准确的定量分析。黄色三角形表示这几个步骤容...
* * * W s V T M VRatingSeq M 13、oLengthJTm2-y*点击OK点击Analyze分析引物根本信息;点击 Prime寻找引物在序 列里结合部位;点击 OK确定下游引物;6 .点击上下游转换键图示,开始设计上游引物;点击 EditPrimers ;emier上下游引物转换健Primer:SearchBResults昭既Direct Select:Itn的t esrimersI I I I I ...