我们一般会使用多个数据库(miRDB和miRanda等)预测某个基因的miRNA,然后对这些预测结果取交集,关键核心miRNA是不会变的基本是一致的。 miRDB的使用方法很简单,有点使用数据库的经验登上miRDB的主页就全都明白了。miRDB - MicroRNA Target Prediction Database miRanda的使用方法,请参考微生信的网页版教程:微生信-miRanda...
5.第五节，利用starbase预测miRNA-lncRNA,miRNA-circRNA之间调控关系，以及其他RNA-RNA之间相互调控关系，...
六、miRNA靶基因预测 对于miRNA数据而言,我们可以寻找miRNA靶向的mRNA来研究miRNA相关功能。这里推荐一个流程化的在线分析网站,miRpath是一个集成了miRNA靶基因数据库在线网站, 只需要输入感兴趣的miRNA, 就可以从靶基因数据库中获取miRNA对应的靶基因,然后进行GO和KEGG富集分析。 我所使用的方法是在TargetScan上预测出所...
miRNA靶点预测方法: 1. 基于序列保守性的预测方法 这种方法基于假设,即miRNA靶点的mRNA序列在不同物种中具有一定的保守性。通过比对不同物种中的mRNA序列,可以预测miRNA靶点的位置。这种方法的优点是可以较为准确地找到具有保守性的miRNA靶点,但缺点是无法预测非保守性的miRNA靶点。 2. 基于互补匹配的预测方法 miRNA与...
miRDB 🐭:专门预测人源的miRNA靶基因,鼠源的信息相对较少。 miRNet 🌐:具有较高的可复现性,是值得信赖的工具。 miRWalk 🚶♂️:虽然能预测到最多的靶基因,但重复率不高,输入方式也较为复杂。 miRTarBase 🔬:同样具有高可复现性,是研究者的优选。
miRNA靶点预测及验证 miRNA主要通过与靶mRNA的结合,或促使mRNA降解,或阻碍其翻译,从而抑制目的基因的表达。用生物信息学方法准确快速地预测miRNA的靶基因,可以为研究miRNA功能提供线索。 实验步骤 构建含靶基因3’UTR的双荧光素酶报告基因载体、microRNA mimics或 micr...
根据mirna预测对应的靶点基因 输入miRNA序列 另一种场景是我们手里有一些mirna或其他小rna序列，例如circle...
数据库Targetscan,既可以查询miRNA的靶基因,又可以查询基因可能互作miRNA。 网址: (1)选择查询物种,输入mir-21-5p名称。 (2)进入查询结果页面,可以看到预测的靶基因列表。同时,可以查询到miRNA与靶基因可能结合位点。 (3)点击进入靶基因ZNF367的结合位点Sitesin UTR,进入后可以看到与ZNF367可能互作的miRNA。
作者提出了基于对偶异构图神经网络的表示学习方法来预测miRNA-药物相关性(Dual-Channel Heterogeneous Graph Neural Network for Predicting MicroRNA-Drug Associations,DGNNMDA)。 该网络通过整合miRNA相似性网络、药物相似性网络和实验验证的miRNA药物敏感性关联,开发了一个双通道异构图神经网络模型,在同构和异构节点之间...
miRNA的预测 编码基因 打开Targetscan网站,选择对应物种,填入基因名称,输入miRNA成熟体名称: 点击submit,若基因有多个转录本,需选择以哪个为准预测,一般选择第一个最常用的,点击ID: 结果页面,默认只显示脊椎动物保守的miRNA,点击下列选项调出所有预测的miRNA: ...