总结:miRNA靶基因预测是研究miRNA调控功能的重要分析内容,市面上有很多miRNA靶基因预测或查询工具(不仅限于上述介绍的),但是建议选择2-3个工具分析即可,选择1款软件的预测结果进入后续实验验证也是可行的。如果需要预测miRNA在动物中的靶基因,可以使用OmicStudio靶基因预测云分析;如果需要预测miRNA在植物中的靶基因,可以...
miRWalk支持两种预测模式:从miRNA出发,预测其调控的靶基因,另外是从靶基因出发,预测能调控该靶基因的miRNA,即双向预测。其中基因的编号支持Gene symbols ,EntreIDs和 Ensemlb-IDs。操作也是傻瓜式的,输入数据基因的ID即可。一次检索一个miRNA/gene 对于Gene, 支持gene symbol, Entrez Id, Ensembl-ID等多种格式,也...
miRWalk，这个生物信息学界的明珠，http://mirwalk.umm.uni-heidelberg.de/，是您寻找miRNA靶基因的全方位伙伴。它汇集了人、鼠、大鼠、犬、牛等多个物种的详尽信息，囊括了基因全长序列上的miRNA结合位点，并与12种权威预测工具（DIANA-microTv4.0、miRanda-rel2010等）的结果进行整合，确保了预测数据...
一个在线的植物小RNA的靶基因预测工具,发表在核酸研究上,被专门设计来鉴定小RNA的靶转录本通过,中洪君人为这是目前最好的植物miRNA预测网站。 模式:载入miRNA的信息预测其靶基因;载入一个基因预测miRNA;同时载入miRNA和基因预测结合情况。 网址:http://plantgrn.noble.org/psRNATarget/ 说明:新的psRNATarget通过浏览器...
LncRNA可以与miRNA互作,作为ceRNA并吸收miRNA,抑制miRNA的作用,促进mRNA表达。常见的靶基因预测网站TargetScan、microRNA等只能预测编码基因3UTR与miRNA的结合,有些网站可以预测LncRNA与miRNA的结合位点,比如starbase,但是只能预测少部分且已知的LncRNA,碰到新发现的novel LncRNA就无能为力了。而今天我们要介绍的这两个...
miRNA的预测 编码基因 打开Targetscan网站,选择对应物种,填入基因名称,输入miRNA成熟体名称: 点击submit,若基因有多个转录本,需选择以哪个为准预测,一般选择第一个最常用的,点击ID: 结果页面,默认只显示脊椎动物保守的miRNA,点击下列选项调出所有预测的miRNA: ...
Starbase是一个专注于RNA互作组的数据库,提供了miRNA靶标、RNA-RNA相互作用、ceRNA调控网络和RNA与蛋白结合信息等多种数据类型。 进入官网(http://starbase.sysu.edu.cn/),主页如下所示,最上方菜单栏中包含以下模块。 MiRNA-Target:该模块主要是预测与miRNA结合的靶基因,以及两者的结合位点。
miRWalk数据库是一个功能全面的miRNA靶基因预测和验证工具，覆盖了人类、小鼠、大鼠、狗和牛等多种物种的基因信息。该数据库汇集了来自12个预测程序的miRNA结合位点信息，如DIANA-microTv4.0、DIANA-microT-CDS、miRanda-rel2010等，且定期更新，最新版本为V3。miRWalk支持双向预测模式，用户可以根据miRNA或...
☞starbase（ENCORI）数据库介绍（一）☞R批量预测miRNA和靶基因之间的调控关系-ENCORI篇 ☞零代码...
在构建ceRNA网络中,需要预测miRNA 靶向lncRNA。 我们可以采用targetscan, miRanda, RNAhybrid等软件进行预测,也可以采用在线的预测网站,今天就介绍一下LncBase。 1. 网站支持两种预测模式:基于实验验证的预测和电子预测两种模式 2. 使用比较简单:输入miRNA 和lncRNA的编号即可,适合少量的miRNA和lncRNA 预测 ...