六、miRNA靶基因预测 对于miRNA数据而言,我们可以寻找miRNA靶向的mRNA来研究miRNA相关功能。这里推荐一个流程化的在线分析网站,miRpath是一个集成了miRNA靶基因数据库在线网站, 只需要输入感兴趣的miRNA, 就可以从靶基因数据库中获取miRNA对应的靶基因,然后进行GO和KEGG富集分析。 我所使用的方法是在TargetScan上预测出所...
multiMiR包发布于2014年7月,当前版本于2020年4月更新,收录4 个外部数据库,其中8 个为预测的 miRNA-靶基因相互作用关系(DIANA-microT-CDS、ElMMo、MicroCosm、miRanda、miRDB、PicTar、PITA 和 TargetScan),其中有3 个为实验验证的miRNA-靶基因相互作用关系(miRecords、miRTarBase 和TarBase),以及3个包含药物/疾病等相...
3.R下载合并ENCORI miRNA靶基因数据 还给大家介绍过如何基于ENCORI数据库和Targetscan数据库里面的数据,利用R来批量预测miRNA的靶基因,包括miRNA-mRNA,miRNA-lncRNA以及miRNA-circRNA之间的调控关系。 1.R批量预测miRNA和靶基因之间的调控关系-ENCORI篇 2.R批量预测miRNA和靶基因之间的调控关系-TargetScan篇 有时候我们...
DIANA2MicroT是Kiriakidou等编写的一种特殊的miRNA靶基因预测软件.它主要针对含单一miRNA结合位点的靶基因,除了要与miRNA5′端“种子”序列配对外,还要与miRNA的3′端配对,并要求配对序列中央最好有“囊泡”存在,即靶基因上miRNA结合位点中央未与miRNA互补序列所形成的泡状结构.该软件在线虫中的预测结果,成功对应了多...
miRNA 靶基因分析:数据库中整合了大量 miRNA 和其靶基因的实验验证和预测数据。用户可以查询某个特定 miRNA 的靶基因,或者查看某个基因的潜在调控 miRNA。功能特别有助于研究 miRNA 在癌症等复杂疾病中的调控作用。 lncRNA 功能注释:ENCORI 提供了 lncRNA 的功能注释,包括其潜在的调控机制和在疾病中的作用。数据库...
miRNA靶点关系；另一种模式是输入miRNA或者其他小RNA的序列信息，程序会通过序列比对，预测对应的靶点基因...
miRDB 🐭:专门预测人源的miRNA靶基因,鼠源的信息相对较少。 miRNet 🌐:具有较高的可复现性,是值得信赖的工具。 miRWalk 🚶♂️:虽然能预测到最多的靶基因,但重复率不高,输入方式也较为复杂。 miRTarBase 🔬:同样具有高可复现性,是研究者的优选。
miRNA主要通过与靶mRNA的结合,或促使mRNA降解,或阻碍其翻译,从而抑制目的基因的表达。用生物信息学方法准确快速地预测miRNA的靶基因,可以为研究miRNA功能提供线索。 实验步骤 构建含靶基因3’UTR的双荧光素酶报告基因载体、microRNA mimics或 microRNA negativecontrol...
MicroRNA (miRNA) 是一类由内源基因编码的小分子RNA,广泛参与基因转录后的表达调控,与分化、发育、组织生长、代谢等生理过程息息相关。 早期科研者研究了miRNA与mRNA相互作用,所以相关网站比较多;近几年,热门的lncRNA、circRNA、外泌体等再次掀起miRNA调控研究的热潮,但是预测方法却鲜有提及。
数据库Targetscan,既可以查询miRNA的靶基因,又可以查询基因可能互作miRNA。 网址: (1)选择查询物种,输入mir-21-5p名称。 (2)进入查询结果页面,可以看到预测的靶基因列表。同时,可以查询到miRNA与靶基因可能结合位点。 (3)点击进入靶基因ZNF367的结合位点Sitesin UTR,进入后可以看到与ZNF367可能互作的miRNA。