methylKit 是一个用于分析甲基化测序数据的R包,不仅支持WGBS,RRBS和目的区域甲基化测序,还支持oxBS-sq,TAB-seq等分析5hmc的数据。 其核心功能是差异甲基化分析和差异甲基化位点和区域的注释。 安装过程如下: source(“http://bioconductor.org/biocLite.R“) biocLite(“methylKit”) 推荐使用最新版本的R进行安装,...
methylKit可以快速分析高通量甲基化和羟甲基化测序实验中全基因组胞嘧啶的表观遗传谱。包括聚类、样本质量可视化、差异甲基化分析等功能。methylKit可在R包官网上获得。 本文Hilight methylKit函数功能总结 关键函数参数介绍 DNA甲基化分析案例 1. 函数功能总结 数据处理 常见methylKit对象 methylBase:存储多个样本甲基化数据...
注释首先要使用R包genomation获取基因/区域信息 library(genomation)#读取基因注释文件(bed格式)bed.file=system.file("extdata","refseq.hg18.bed.txt",package="methylKit")bed.file[1]"/public/home/FengSL/anaconda2/lib/R/library/methylKit/extdata/refseq.hg18.bed.txt"gene.obj=readTranscriptFeatures(bed....
在methylKit中,校正p值采用的是SILM算法,和我们常规的BH算法不同。 type参数定义差异的类型,如果你只关注hypermethylated或者hypomethylated,可以设置type 参数的值,单独筛选。 在methylKit中,它的差异分析总是针对合并后的甲基化表达谱,如果你的甲基化表达谱每一行是一个甲基化位点,那么差异分析的结果就是差异甲基化位点...
methylKit是一个用于分析甲基化测序数据的R包,不仅支持WGBS,RRBS和目的区域甲基化测序,还支持oxBS-sq,TAB-seq等分析5hmc的数据。其核心功能是差异甲基化分析和差异甲基化位点和区域的注释。 主要步骤包括数据描述性分析,聚类、样品质量可视化、差异甲基化分析和注释特征等功能。
methylKit 是一个用于分析甲基化测序数据的R包,不仅支持WGBS,RRBS和目的区域甲基化测序,还支持oxBS-sq,TAB-seq等分析5hmc的数据。 其核心功能是差异甲基化分析和差异甲基化位点和区域的注释。 安装过程如下: source(“http://bioconductor.org/biocLite.R“) ...
methylKit是一个用于分析甲基化测序数据的R包,不仅支持WGBS,RRBS和目的区域甲基化测序,还支持oxBS-sq,TAB-seq等分析5hmc的数据。其核心功能是差异甲基化分析和差异甲基化位点和区域的注释。 主要步骤包括数据描述性分析,聚类、样品质量可视化、差异甲基化分析和注释特征等功能。 分析流程图如下: 参考资料: https://...
methylKit是一个用于分析DNA甲基化测序数据的R包，其核心功能是差异甲基化分析和差异甲基化位点/区域的注释。DNA甲基化文件格式如下:每一行是一个甲基化位点，其中，coverage代表覆盖这个位点的reads数，freqC和freqT分别代表发生甲基化和未发生甲基化胞嘧啶的比例。这种纯文本格式内容直观，文件小，读取速度...
methylKit 是一个用于分析甲基化测序数据的R包,不仅支持WGBS,RRBS和目的区域甲基化测序,还支持oxBS-sq, TAB-seq等分析5hmc的数据。 其核心功能是差异甲基化分析和差异甲基化位点和区域的注释。
"test2.myCpG.txt",package= "methylKit"), system.file("extdata","control1.myCpG.txt",package= "methylKit"), system.file("extdata","control2.myCpG.txt",package= "methylKit")) ##将文件读取到一个methylRawList对象:myobj,treatment确定对照与测试组,assembly选择参考基因组,context参数控制甲基化位...