软件于2012年发布,但一直根据不同版本的R语言进行维护,其功能也在逐步完善和优化,最近的一次更新是2024年一月。 methylKit可以快速分析高通量甲基化和羟甲基化测序实验中全基因组胞嘧啶的表观遗传谱。包括聚类、样本质量可视化、差异甲基化分析等功能。methylKit可在R包官网上获得。 本文Hilight methylKit函数功能总结 关...
methylKit 是一个用于分析甲基化测序数据的R包,不仅支持WGBS,RRBS和目的区域甲基化测序,还支持oxBS-sq,TAB-seq等分析5hmc的数据。 其核心功能是差异甲基化分析和差异甲基化位点和区域的注释。 安装过程如下: source(“http://bioconductor.org/biocLite.R“) biocLite(“methylKit”) 推荐使用最新版本的R进行安装,...
methylKit:差异甲基化R包 前言 今天小编为大家介绍一款差异甲基化分析软件包,methylKit用于分析和注释通过高通量亚硫酸氢盐测序获得的DNA甲基化信息。如果提供了适当的输入格式,它可以处理全基因组重亚硫酸盐测序数据。 1、数据输入 亚硫酸氢盐测序实验分为测试和对照样品。 测试样品可以来自疾病组织,而对照样品可以来自...
methylKit 是一个用于分析甲基化测序数据的R包,不仅支持WGBS,RRBS和目的区域甲基化测序,还支持oxBS-sq,TAB-seq等分析5hmc的数据。 其核心功能是差异甲基化分析和差异甲基化位点和区域的注释。 安装过程如下: source(“http://bioconductor.org/biocLite.R“) biocLite(“methylKit”) 推荐使用最新版本的R进行安装,...
methylKit 是一个用于分析甲基化测序数据的R包,不仅支持WGBS,RRBS和目的区域甲基化测序,还支持oxBS-sq,TAB-seq等分析5hmc的数据。 其核心功能是差异甲基化分析和差异甲基化位点和区域的注释。 安装过程如下: source(“http://bioconductor.org/biocLite.R“) ...
methylkit:用于高通量亚硫酸氢盐测序的DNA甲基化分析和注释的R包。该包的目的是处理RRBS以及WGBS的测序数据。此外,也可以处理从Tab-seq或oxBS-seq获得的5hmC的碱基对分辨率数据。 DSS:该软件包专为高通量测序数据的差异分析而设计,依赖于bsseq包。它提供了用于分析RNA-seq 差异表达和亚硫酸氢盐测序 (BS-seq) 差...
methylKit 是一个用于分析甲基化测序数据的R包,不仅支持WGBS,RRBS和目的区域甲基化测序,还支持oxBS-sq, TAB-seq等分析5hmc的数据。 其核心功能是差异甲基化分析和差异甲基化位点和区域的注释。
Here, we describe an R package, methylKit, thatrapidly analyzes genome-wide cytosine epigenetic profiles from high-throughput methylation andhydroxymethylation sequencing experiments. methylKit includes functions for clustering, samplequality visualization, differential methylation analysis and annotation features, ...
methylKit是一个用于分析DNA甲基化测序数据的R包，其核心功能是差异甲基化分析和差异甲基化位点/区域的注释。DNA甲基化文件格式如下:每一行是一个甲基化位点，其中，coverage代表覆盖这个位点的reads数，freqC和freqT分别代表发生甲基化和未发生甲基化胞嘧啶的比例。这种纯文本格式内容直观，文件小，读取速度...
in R console, library(devtools) install_github("al2na/methylKit",build_vignettes=FALSE,repos=BiocManager::repositories(),dependencies=TRUE) if this doesn't work, you might need to addtype="source"argument. library(devtools) install_github("al2na/methylKit",build_vignettes=FALSE,repos=BiocManager:...