methylKit可以快速分析高通量甲基化和羟甲基化测序实验中全基因组胞嘧啶的表观遗传谱。包括聚类、样本质量可视化、差异甲基化分析等功能。methylKit可在R包官网上获得。 本文Hilight methylKit函数功能总结 关键函数参数介绍 DNA甲基化分析案例 1. 函数功能总结 数据处理 常见methylKit对象 methylBase:存储多个样本甲基化数据...
注释首先要使用R包genomation获取基因/区域信息 library(genomation)#读取基因注释文件(bed格式)bed.file=system.file("extdata","refseq.hg18.bed.txt",package="methylKit")bed.file[1]"/public/home/FengSL/anaconda2/lib/R/library/methylKit/extdata/refseq.hg18.bed.txt"gene.obj=readTranscriptFeatures(bed....
print(myobjDB[[1]]@dbpath) ## [1] "/tmp/RtmpBYQMT8/Rbuild4258771d5438/methylKit/vignettes/methylDB/test1.txt.bgz" #去除覆盖率较低的reads(count<10) myobjDB=filterByCoverage(myobjDB,lo.count=10,lo.perc=NULL,hi.count=NULL,hi.perc=99.9) #归一化 myobjDB <- normalizeCoverage(myobjDB...
methylKit是一个用于分析DNA甲基化测序数据的R包，其核心功能是差异甲基化分析和差异甲基化位点/区域的注释。DNA甲基化文件格式如下:每一行是一个甲基化位点，其中，coverage代表覆盖这个位点的reads数，freqC和freqT分别代表发生甲基化和未发生甲基化胞嘧啶的比例。这种纯文本格式内容直观，文件小，读取速度...