methylkit:用于高通量亚硫酸氢盐测序的DNA甲基化分析和注释的R包。该包的目的是处理RRBS以及WGBS的测序数据。此外,也可以处理从Tab-seq或oxBS-seq获得的5hmC的碱基对分辨率数据。 DSS:该软件包专为高通量测序数据的差异分析而设计,依赖于bsseq包。它提供了用于分析RNA-seq 差异表达和亚硫酸氢盐测序 (BS-seq) 差...
methylkit：用于高通量亚硫酸氢盐测序的DNA甲基化分析和注释的R包。该包的目的是处理RRBS以及WGBS的测序数据。此外，也可以处理从Tab-seq或oxBS-seq获得的5hmC的碱基对分辨率数据。DSS：该软件包专为高通量测序数据的差异分析而设计，依赖于bsseq包。它提供了用于分析RNA-seq 差异表达和亚硫酸氢盐测序 (...
calculateDiffMethDSS:差异甲基化分析 输入:methylBase/methylBaseDB 返回值:包含不同甲基化统计数据和区域或碱基位置的methylDiff 备注:该函数使用DSS beta-binomial模型计算差异甲基化。 getMethylDiff:差异甲基化数据过滤 输入:methylDiff/methylDiffDB 返回值:满足条件的差异甲基化位置的methylDiff或methylDiffDB对象 di...
methylKit是一个用于分析甲基化测序数据的R包,不仅支持WGBS,RRBS和目的区域甲基化测序,还支持oxBS-sq,TAB-seq等分析5hmc的数据。其核心功能是差异甲基化分析和差异甲基化位点和区域的注释。 主要步骤包括数据描述性分析,聚类、样品质量可视化、差异甲基化分析和注释特征等功能。 分析流程图如下: 参考资料: https://...
methylKit 是一个用于分析甲基化测序数据的R包,不仅支持WGBS,RRBS和目的区域甲基化测序,还支持oxBS-sq,TAB-seq等分析5hmc的数据。 其核心功能是差异甲基化分析和差异甲基化位点和区域的注释。 安装过程如下: source(“http://bioconductor.org/biocLite.R“) biocLite(“methylKit”) ...
methylKit是一个用于分析甲基化测序数据的R包,不仅支持WGBS,RRBS和目的区域甲基化测序,还支持oxBS-sq,TAB-seq等分析5hmc的数据。其核心功能是差异甲基化分析和差异甲基化位点和区域的注释。 主要步骤包括数据描述性分析,聚类、样品质量可视化、差异甲基化分析和注释特征等功能。