对GWAS结果的meta分析显示共有333个独立基因与至少一种药物表型相关(74个与高脂血症、181个与高血压相关、78个与T2D)(表格过大这里不做展示)。 药物总购买量置信区间(CS) 共有450个CS与药物总购买量相关,其中包括治疗高脂血症(83个位点,137个CS)、高血压(145个位点,221个CS)和T2D(77个位点,92个CS)(图 ...
GWAS Meta分析:介绍GWAS简介以及Meta分析概述,为后续说明基因组膨胀因子计算对GWAS Meta分析结果的影响做铺垫。 基因组膨胀因子计算对GWAS Meta的影响:解释基因组膨胀因子的定义与意义,并深入探讨其对GWAS结果产生影响的机制。此外,还将阐述GWAS Meta中基因组膨胀因子计算的重要性和必要性。 实例说明: 使用基因组膨胀因...
研究团队利用两个独立的全基因组关联研究和meta分析的方法,对来自全球的11,744个欧洲祖裔个体进行了深入研究,其中包括2,085名肺动脉高血压(PAH)患者。经过严谨的数据分析和验证,研究人员对肺动脉高压进行了两个独立的基因组关联研究(GWAS),并进行了合并分析。他们发现了两个与肺动脉高压相关的基因座。 第一个位于S...
GWAS汇总数据的meta分析,是使用适当的权重将不同的GWAS整合到一起(可以是相同的疾病或者性状,也可以是几个有关联的疾病或者性状) 其在复杂遗传疾病和性状的gwas研究中日益成为重要的工具 R语言实现:metal软件 #准备好GWAS数据 #使用metal软件,执行GWAS的meta分析 snplist <- read.xlsx("./原文/1-s2.0-S016517812...
选择三种癌症来源GWAS作为结局数据。采用双样本孟德尔随机化(MR)分析IBD对32例结肠外癌的因果效应。应用meta分析来评估具有多个MR结果的综合因果效应。 研究思路 该MR 分析调查了 IBD 与结肠外癌之间的因果关系。32种癌症分为呼吸系统癌、口腔咽癌、消化系统癌、血液系统恶性肿瘤、生殖器系统癌、乳腺癌、皮肤癌和其他...
猪全基因组关联分析Meta-GWAS分析甘油三酯本实验旨在挖掘影响猪甘油三酯(TG)含量的有效SNP位点以及候选基因,为生产优良猪肉的选育工作提供理论依据.收集Beadchips 60K SNP芯片分型莱芜猪,二花脸猪和杜洛克×(长白×约克郡)(DLY)群体共1256头猪的数据,并运用FarmCPU模型对1256头猪的TG含量进行全基因组关联分析(GenomeWide...
GIF的一个重要应用是在GWAS meta分析中。GWAS meta分析是一种将多个独立的GWAS研究结果进行合并来增加样本量和统计力量的方法。通过合并多个研究,可以提高发现与疾病或特征相关的基因或位点的概率。在进行GWAS meta分析时,计算每个研究的GIF可以帮助研究人员评估研究之间的一致性和可靠性,并确定是否需要进行进一步的纠正措...
METAL是gwas meta分析最常用的工具之一,官网如下 https://genome.sph.umich.edu/wiki/METAL 该软件的安装非常简单,直接下载编译好的二进制文件即可,安装过程如下 代码语言:javascript 复制 wget http://csg.sph.umich.edu/abecasis/metal/download/Linux-metal.tar.gz ...
为什么需要做meta分析 群体分层是GWAS研究中一个比较常见的假阳性来源. 也就是说,如果数据存在群体分层,却不加以控制,那么很容易得到一堆假阳性位点。 当群体出现分层时,...
GWAMA:GWAS meta-analysis的又一利器 meta-analysis对多个独立研究的成果进行综合评估,该技术在医学,心理学等领域早已广泛使用。虽然该技术的理论基础早已成熟,但是在GWAS分析领域,还是有很多困难需要去克服 GWAS分析SNP位点的数量很大,特别是基因型填充技术的出现,SNP位点数量达到了百万,千万的规模,对于软件而言,运行速度...