猪全基因组关联分析Meta-GWAS分析甘油三酯本实验旨在挖掘影响猪甘油三酯(TG)含量的有效SNP位点以及候选基因,为生产优良猪肉的选育工作提供理论依据.收集Beadchips 60K SNP芯片分型莱芜猪,二花脸猪和杜洛克×(长白×约克郡)(DLY)群体共1256头猪的数据,并运用FarmCPU模型对1256头猪的TG含量进行全基因组关联分析(GenomeWide...
对GWAS结果的meta分析显示共有333个独立基因与至少一种药物表型相关(74个与高脂血症、181个与高血压相关、78个与T2D)(表格过大这里不做展示)。 药物总购买量置信区间(CS) 共有450个CS与药物总购买量相关,其中包括治疗高脂血症(83个位点,137个CS)、高血压(145个位点,221个CS)和T2D(77个位点,92个CS)(图 ...
研究团队利用两个独立的全基因组关联研究和meta分析的方法,对来自全球的11,744个欧洲祖裔个体进行了深入研究,其中包括2,085名肺动脉高血压(PAH)患者。经过严谨的数据分析和验证,研究人员对肺动脉高压进行了两个独立的基因组关联研究(GWAS),并进行了合并分析。他们发现了两个与肺动脉高压相关的基因座。 第一个位于S...
GWAS meta分析是一种将多个独立的GWAS研究结果进行合并来增加样本量和统计力量的方法。通过合并多个研究,可以提高发现与疾病或特征相关的基因或位点的概率。在进行GWAS meta分析时,计算每个研究的GIF可以帮助研究人员评估研究之间的一致性和可靠性,并确定是否需要进行进一步的纠正措施。 总之,基因组膨胀因子(GIF)是在基因...
基于GWAS多阶段研究或独立研究可采用荟萃分析进行统计量的综合,计算推导疾病关联的新位点。Meta方法的不同主要在于结合统计量和统计假设的不同。根据结合统计量的不同可将Meta分析方法主要分为三类:第一类的综合统计量为效应值,它适合于测量结果为连续数据的独立研究,目前主要应用于社会科学(教育学、心理学等)、临床医...
Table S2. GWAS meta-analysis results, European Ancestry, ACD 软件实现【2】: 1. 下载原始数据 我们需要vcf格式的文件 2. vcf文件解析:PLINK 使用PLINK软件中的VCF解析器,如vcftools或bcftools,将VCF文件转换为BOLT-LMM所需的格式 3. 运行单个GWAS分析:BOLT-LMM ...
因此,遗传学界广泛采用了将来自多个GWAS的汇总统计数据合并到单个meta分析中的方法,以通过增加有效样本量来提高分析的统计能力 在meta分析过程中需要进行严格的质量控制 (quality control,QC) 附带R 包EasyQC 流程: 典型的 genome-wide association meta-analyses (GWAMAs) 包括四个主要阶段 ...
meta-analysis对多个独立研究的成果进行综合评估,该技术在医学,心理学等领域早已广泛使用。虽然该技术的理论基础早已成熟,但是在GWAS分析领域,还是有很多困难需要去克服 GWAS分析SNP位点的数量很大,特别是基因型填充技术的出现,SNP位点数量达到了百万,千万的规模,对于软件而言,运行速度和内存消耗也是巨大挑战 ...
你没看错,搞定GWAS meta分析只需一行代码! METAL是gwas meta分析最常用的工具之一,官网如下 https://genome.sph.umich.edu/wiki/METAL 该软件的安装非常简单,直接下载编译好的二进制文件即可,安装过程如下 代码语言:javascript 复制 wget http://csg.sph.umich.edu/abecasis/metal/download/Linux-metal.tar.gz...
为了确保数据集的可靠性,作者首先进行了严格的标记筛选,在1000份以上的材料中都能鉴定到的变异位点,才会被保留。进一步,作者利用单环境和多环境下的de novo GWAS以及meta-GWAS,再次进行了关联分析,关联的性状包括:脂肪酸,氨基酸组分,抗病性状,产量,株高,抗倒伏性,粒重,粒斑,花期,落粒等(表1)。