meta-analysis对多个独立研究的成果进行综合评估,该技术在医学,心理学等领域早已广泛使用。虽然该技术的理论基础早已成熟,但是在GWAS分析领域,还是有很多困难需要去克服 GWAS分析SNP位点的数量很大,特别是基因型填充技术的出现,SNP位点数量达到了百万,千万的规模,对于软件而言,运行速度和内存消耗也是巨大挑战 不同study结果...
GWAS汇总数据的meta分析,是使用适当的权重将不同的GWAS整合到一起(可以是相同的疾病或者性状,也可以是几个有关联的疾病或者性状) 其在复杂遗传疾病和性状的gwas研究中日益成为重要的工具 R语言实现:metal软件 #准备好GWAS数据 #使用metal软件,执行GWAS的meta分析 snplist <- read.xlsx("./原文/1-s2.0-S016517812...
Table S2. GWAS meta-analysis results, European Ancestry, ACD 软件实现【2】: 1. 下载原始数据 我们需要vcf格式的文件 2. vcf文件解析:PLINK 使用PLINK软件中的VCF解析器,如vcftools或bcftools,将VCF文件转换为BOLT-LMM所需的格式 3. 运行单个GWAS分析:BOLT-LMM 运行单个研究GWAS:对于ieu-a-7和ebi-a-GCST0...
定义:Meta分析(Meta-analysis)是用于比较和综合针对同一科学问题研究结果的统计学方法,其结论是否有意义取决于纳入研究的质量,常用于系统综述中的定量合并分析,简单讲就是应用统计学方法合并之前的不同结果。 MR前Meta MR前的Meta分析其实就是GWAS Meta。最早的GWAS Meta是用来减少人群分层对GWAS结果的影响,由于人群分层...
App GA-03 元分析 Meta-Analysis 基于GWAS多阶段研究或独立研究可采用荟萃分析进行统计量的综合,计算推导疾病关联的新位点。Meta方法的不同主要在于结合统计量和统计假设的不同。根据结合统计量的不同可将Meta分析方法主要分为三类:第一类的综合统计量为效应值,它适合于测量结果为连续数据的独立研究,目前主要应用于社...
Meta-analysis是对多个GWAS分析结果进行综合评价。METAL是GWAS meta分析最常用的工具之一,说明文档见:https://genome.sph.umich.edu/wiki/METAL_Documentation 该软件的安装非常简单,直接下载编译好的二进制文件即可,安装过程如下: wgethttp://csg.sph.umich.edu/abecasis/metal/download/Linux-metal.tar.gz ...
meta-analysis对多个独立研究的成果进行综合评估,该技术在医学,心理学等领域早已广泛使用。虽然该技术的理论基础早已成熟,但是在GWAS分析领域,还是有很多困难需要去克服 GWAS分析SNP位点的数量很大,特别是基因型填充技术的出现,SNP位点数量达到了百万,千万的规模,对于软件而言,运行速度和内存消耗也是巨大挑战 ...
相信各位在学习GWAS原理时对GWAS的作图群体有了一定的了解,在林木、农作物等生长时间较长的物种来说,构建子代、RIL甚至NAM群体需要较长的时间,在群体构建完成之前,GWAS是少有的自然群体适合做的分析之一。尽管…
GWAS meta analysis应该翻译成整合分析,略区别于医学的荟萃分析。GWAS中的meta analysis,是将不同的GWAS整合在一起,减少群体分层的影响,提升了power。(还是不知道原理) 一般用的软件有:plink、GWAMA、METAL 关于Meta的在不同场景下的意思 Meta的字面意思:Meta means about the thing itself. It's seeing the thing...
meta-analysis对多个独立研究的成果进行综合评估,该技术在医学,心理学等领域早已广泛使用。虽然该技术的理论基础早已成熟,但是在GWAS分析领域,还是有很多困难需要去克服 GWAS分析SNP位点的数量很大,特别是基因型填充技术的出现,SNP位点数量达到了百万,千万的规模,对于软件而言,运行速度和内存消耗也是巨大挑战 ...