MeRIP-seq将RNA上发生m6A修饰的区域富集后进行测序,因此发生m6A修饰的区域,IP文库所覆盖的reads数会显著高于input文库,从而形成“峰(peak)”。检测这些峰的位置即可得到RNA上发生m6A修饰的位置。 鉴定得到m6A修饰后,再对m6A修饰进行注释、分布统计、motif鉴定等分析。 (四) 差异m6A修饰区域的鉴定
研究人员首先证明METTL14(一种m6A甲基转移酶)沉默可抑制成肌细胞的分化,促进C2C12 成肌细胞增殖。采用m6A-seq(MeRIP-seq)测序方法,对猪骨骼肌发育六个胚胎期的纵向转录组和表观转录组图谱进行分析。 结论 MeRIP-seq结果显示:胚胎期骨骼肌发育六个不同阶段的m6A修饰呈现高度的动态变化,且大多数受影响的基因在与骨骼...
meripseq实验流程如下: 1.细胞培养:在进行meripseq实验之前,需要培养细胞并使其达到适当的生长状态。这通常包括在培养皿中培养细胞,并在适当的条件下(如温度、湿度和二氧化碳浓度)进行培养。 2. RNA提取:使用适当的RNA提取试剂盒从细胞中提取RNA。RNA提取的质量和纯度对于后续的实验步骤非常重要。 3. RNA片段化:将...
网上各种关于MeRIP-seq分析或者叫m6A-seq分析的流程我基本看了一遍,结合自己的实际数据跑通了一遍流程,是比较简化的版本,供大家参考。 上游分析的几个步骤,曾健明老师给的教程非常完成,可以直接学习 基本流程: 测序下机得到的fastq文件 去除rRNA(必要时也可去除tRNA) 比对到参考基因组 Peak Calling Peak Annotation Pe...
专注于表观组学研究的深圳市易基因科技，作为多组学科研服务的领先者，提供甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)信息分析的详细流程。首先，原始的FASTQ格式下机数据需经过质控，使用Trimmomatic去除接头序列和低质量碱基，参数设置为特定值。然后，经过过滤的序列通过hisat2软件比对到参考基因组，形成m6A...
甲基化RNA免疫共沉淀信息分析流程主要包括以下步骤：1. 数据质控与预处理 质控：使用Trimmomatic去除FASTQ格式原始数据中的接头序列和低质量碱基，参数设置为特定值以确保数据质量。 比对：通过hisat2软件将过滤后的序列比对到参考基因组，形成m6A修饰区域的“峰”，用于判断甲基化位置。2. 鉴定差异m6A修饰...
实验流程 图1:GenSeq® m6A MeRIP试剂盒实验流程 结果展示 图2. MeRIP-qPCR检测结果:Input%分析 图3. MeRIP-qPCR检测结果:Fold Enrichment分析 图4. MeRIP-qPCR检测结果:信噪比优于采用游离m6A洗脱的传统流程 图5. MeRIP-Seq结果展示:IGV可视化 图6. MeRIP-Seq结果展示:Motif分析 ...
实施例一种merip-seq高通量测序数据生物信息分析流程所述merip-seq高通量测序数据生物信息分析流程,包括如下步骤:s1、数据过滤与质量评估:首先,对下机得到的原始数据利用fastp进行质控,过滤掉低质量的测序数据,得到cleanreads。接着,对得到的cleanreads进行碱基的组成和质量分布分析,直观展示数据质量情况。其中,reads过滤的...
6.如权利要求5所述的一种基于merip-seq的登革病毒m6a甲基化修饰位点鉴定分析方法,其特征在于:步骤(4)中通过annovar软件对peak进行注释;再通过homer软件对peak进行motif预测。 7.如权利要求6所述的一种基于merip-seq的登革病毒m6a甲基化修饰位点鉴定分析方法,其特征在于:步骤(4)中有生物学重复使用deseq2,没有生物学...
三、信息分析流程：原始数据需进行质控，去除接头序列及低质量碱基。数据比对至参考基因组，形成“峰”（peak）以判断m6A修饰位置。MeRIP-seq与Input文库的reads数差异，形成峰（peak），定位m6A修饰区域。接下来进行m6A修饰的注释、分布统计、motif鉴定等深入分析。四、研究思路与案例：MeRIP-seq/m6A-seq...