MeRIP-seq/m6A- seq是目前研究m6A修饰使用最广泛的技术之一。 二、甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)实验流程 从样品处理到最终数据获得中每一个环节都会对数据质量和数量产生影响,而数据质量又会直接影响后续信息分析的结果。为了从源头上保证测序数据的准确性、可靠性,需对样品处理、建库、测序每一个生成步...
网上各种关于MeRIP-seq分析或者叫m6A-seq分析的流程我基本看了一遍,结合自己的实际数据跑通了一遍流程,是比较简化的版本,供大家参考。 上游分析的几个步骤,曾健明老师给的教程非常完成,可以直接学习 基本流程: 测序下机得到的fastq文件 去除rRNA(必要时也可去除tRNA) 比对到参考基因组 Peak Calling Peak Annotation Pe...
10.数据分析:对测序数据进行分析,以确定与抗体结合的RNA片段的特征和功能。这可以包括对RNA片段的序列分析、基因表达分析、RNA修饰分析等。 注意事项: 1.在进行meripseq实验之前,需要确保细胞培养条件的稳定性和一致性,以获得可靠的实验结果。 2. RNA提取的质量和纯度对于后续的实验步骤非常重要,因此需要使用高质量的...
三、信息分析流程：原始数据需进行质控，去除接头序列及低质量碱基。数据比对至参考基因组，形成“峰”（peak）以判断m6A修饰位置。MeRIP-seq与Input文库的reads数差异，形成峰（peak），定位m6A修饰区域。接下来进行m6A修饰的注释、分布统计、motif鉴定等深入分析。四、研究思路与案例：MeRIP-seq/m6A-seq研...
专注于表观组学研究的深圳市易基因科技，作为多组学科研服务的领先者，提供甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)信息分析的详细流程。首先，原始的FASTQ格式下机数据需经过质控，使用Trimmomatic去除接头序列和低质量碱基，参数设置为特定值。然后，经过过滤的序列通过hisat2软件比对到参考基因组，形成m6A...
我们可以看到MeRIPseqPipe流程中主要是用的fastp与fastqc两个软件对原始数据进行了预处理。 fastqc可以对fq数据进行质量评估,使用java语言编写;fastp软件可以进行数据过滤同时进行质量评估,主要是用C++语言编写,支持多线程,处理数据速度非常快。 MeRIPseqPipe流程github上作者的这块相关的代码抠出来如下: ...
rRNA去除之后就开始进行数据比对了,这一步骤作者使用了三个比对软件:Tophat2,STAR,HISAT2,BWA。 相应代码抠出来: HISAT2: image-20220326230833394.png 继续扣出来运行~ 一、下载人的参考基因组序列 去ensemble数据库: # 使用axel多线程下载数据,速度可到10M/s ...
MeRIP-seq/m6A-seq技术通过特异识别m6A修饰的抗体，对细胞内具有m6A修饰的RNA片段进行免疫共沉淀，然后高通量测序，结合生物信息学分析，可在全基因组范围内系统研究m6A修饰状况。二、甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)实验流程 确保高质量数据产出，每一步操作都需严格把控。从样品处理到最终数据...
本发明属于生物学技术领域,具体涉及一种MeRIPseq高通量测序数据的生物分析流程.该分析流程主要包括数据过滤与质量评估,序列比对分析,单样本Peak分析,组内一致性peak检测与注释,motif分析,组间peak合并以及多样本聚类,组间RNA甲基化修饰有或无的差异及组间RNA甲基化率高低的差异分析.本发明提供的生物信息分析流程分析内容...
MeRIP-Seq是通过能够识别RNA m6A修饰的特异性抗体结合具有m6A修饰的RNA片段进行免疫共沉淀,然后对富集下来的RNA片段进行高通量测序的技术,实现在全转录组范围内对m6A修饰进行系统研究。 服务流程: (1)实验设计 (2)免疫共沉淀RNA样品制备 (3)测序文库构建 (4)高通量测序 说明: (1)服务周期:30-50个工作日 (2)...