MeRIP-seq将RNA上发生m6A修饰的区域富集后进行测序,因此发生m6A修饰的区域,IP文库所覆盖的reads数会显著高于input文库,从而形成“峰(peak)”。检测这些峰的位置即可得到RNA上发生m6A修饰的位置。 鉴定得到m6A修饰后,再对m6A修饰进行注释、分布统计、motif鉴定等分析。 (四) 差异m6A修饰区域的鉴定 差异m6A修饰(即差异p...
研究人员首先证明METTL14(一种m6A甲基转移酶)沉默可抑制成肌细胞的分化,促进C2C12 成肌细胞增殖。采用m6A-seq(MeRIP-seq)测序方法,对猪骨骼肌发育六个胚胎期的纵向转录组和表观转录组图谱进行分析。 结论 MeRIP-seq结果显示:胚胎期骨骼肌发育六个不同阶段的m6A修饰呈现高度的动态变化,且大多数受影响的基因在与骨骼...
meripseq实验流程如下: 1.细胞培养:在进行meripseq实验之前,需要培养细胞并使其达到适当的生长状态。这通常包括在培养皿中培养细胞,并在适当的条件下(如温度、湿度和二氧化碳浓度)进行培养。 2. RNA提取:使用适当的RNA提取试剂盒从细胞中提取RNA。RNA提取的质量和纯度对于后续的实验步骤非常重要。 3. RNA片段化:将...
网上各种关于MeRIP-seq分析或者叫m6A-seq分析的流程我基本看了一遍,结合自己的实际数据跑通了一遍流程,是比较简化的版本,供大家参考。 上游分析的几个步骤,曾健明老师给的教程非常完成,可以直接学习 基本流程: 测序下机得到的fastq文件 去除rRNA(必要时也可去除tRNA) 比对到参考基因组 Peak Calling Peak Annotation Pe...
三、信息分析流程：原始数据需进行质控，去除接头序列及低质量碱基。数据比对至参考基因组，形成“峰”（peak）以判断m6A修饰位置。MeRIP-seq与Input文库的reads数差异，形成峰（peak），定位m6A修饰区域。接下来进行m6A修饰的注释、分布统计、motif鉴定等深入分析。四、研究思路与案例：MeRIP-seq/m6A-seq...
专注于表观组学研究的深圳市易基因科技，作为多组学科研服务的领先者，提供甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)信息分析的详细流程。首先，原始的FASTQ格式下机数据需经过质控，使用Trimmomatic去除接头序列和低质量碱基，参数设置为特定值。然后，经过过滤的序列通过hisat2软件比对到参考基因组，形成m6A...
三、甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)信息分析流程 原始下机数据需进行质控、数据比对、m6A修饰区域检测、差异m6A修饰区域鉴定、mRNA基因表达水平分析、lncRNA筛选鉴定及表达量计算、circRNA鉴定及表达量计算和差异表达基因鉴定等步骤。分析流程包括GO和KEGG富集分析，以了解差异m6A关联基因与差异表达...
本发明属于生物学技术领域,具体涉及一种MeRIPseq高通量测序数据的生物分析流程.该分析流程主要包括数据过滤与质量评估,序列比对分析,单样本Peak分析,组内一致性peak检测与注释,motif分析,组间peak合并以及多样本聚类,组间RNA甲基化修饰有或无的差异及组间RNA甲基化率高低的差异分析.本发明提供的生物信息分析流程分析内容...
GenSeq® m6A MeRIP试剂盒专为RNA m6A研究而设计,通过MeRIP方法,可以实现对转录组中m6A修饰区域的特异性富集。相对于传统的基于游离m6A的洗脱方式,本试剂盒采用高盐/低盐缓冲液连续洗脱的流程可以大幅降低背景噪音,具有更好的信噪比。本试剂盒包含了MeRIP流程中的所有核心试剂,如:验证过的m6A抗体、RNA片段化试剂、...
三、甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)信息分析流程 (一)原始下机数据质控 原始下机数据为FASTQ格式,是高通量测序的标准格式。FASTQ文件每四行为一个单位,包含一条测序序列(read)的信息。该单位第一行为read的ID,一般以@符号开头;第二行为测序的序列,也就是reads的序列;第三行一般是一个+号,或者与第一...