MeRIP-seq将RNA上发生m6A修饰的区域富集后进行测序,因此发生m6A修饰的区域,IP文库所覆盖的reads数会显著高于input文库,从而形成“峰(peak)”。检测这些峰的位置即可得到RNA上发生m6A修饰的位置。 鉴定得到m6A修饰后,再对m6A修饰进行注释、分布统计、motif鉴定等分析。 (四) 差异m6A修饰区域的鉴定 差异m6A修饰(即差异p...
2018年,多伦多大学何厚胜课题组推出了微量RNA的MeRIP-seq技术,该技术从RNA的起始量、RNA片段化的条件、清洗/洗脱条件等角度优化了MeRIP-seq实验流程,使得MeRIP-seq所需肿瘤的总RNA最低降至2µg,打破了传统protocol的限制(Zeng et al 2018),主要流程如下(图6): 1)RNA片段化 RNA片段化的温度为70℃,片段化时间...
meripseq实验流程如下: 1.细胞培养:在进行meripseq实验之前,需要培养细胞并使其达到适当的生长状态。这通常包括在培养皿中培养细胞,并在适当的条件下(如温度、湿度和二氧化碳浓度)进行培养。 2. RNA提取:使用适当的RNA提取试剂盒从细胞中提取RNA。RNA提取的质量和纯度对于后续的实验步骤非常重要。 3. RNA片段化:将...
研究人员首先证明METTL14(一种m6A甲基转移酶)沉默可抑制成肌细胞的分化,促进C2C12 成肌细胞增殖。采用m6A-seq(MeRIP-seq)测序方法,对猪骨骼肌发育六个胚胎期的纵向转录组和表观转录组图谱进行分析。 结论 MeRIP-seq结果显示:胚胎期骨骼肌发育六个不同阶段的m6A修饰呈现高度的动态变化,且大多数受影响的基因在与骨骼...
MeRIP-seq实验流程图 1、MeRIP-qPCR的目的是什么? MeRIP-qPCR是验证某目标基因上的某个修饰位点(以一小段区域的形式,MeRIP法精确不到单碱基)的修饰水平。得到的结果往往是一个%(IP/Input)的数值,它体现的是该位点的修饰水平(可以理解为:这个转录本表达了很多条,其中这个位点有修饰的有多少条?)。与普通qPCR验证...
三、信息分析流程：原始数据需进行质控，去除接头序列及低质量碱基。数据比对至参考基因组，形成“峰”（peak）以判断m6A修饰位置。MeRIP-seq与Input文库的reads数差异，形成峰（peak），定位m6A修饰区域。接下来进行m6A修饰的注释、分布统计、motif鉴定等深入分析。四、研究思路与案例：MeRIP-seq/m6A-seq...
定量PCR检测作为实验结果的验证步骤，包括：- 溶解Mix并混匀，配制反应液并离心确保液体分布均匀。- 采用三步法程序进行反应。- 检测结果通过qPCR获得，具体数据在附件中详细列出。实验流程结束后，我们得到了Merip-qPCR柱状图和Merip RNA片段化图，以可视化的方式展示了实验结果。
MeRIP-seq/m6A-seq技术通过特异识别m6A修饰的抗体，对细胞内具有m6A修饰的RNA片段进行免疫共沉淀，然后高通量测序，结合生物信息学分析，可在全基因组范围内系统研究m6A修饰状况。二、甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)实验流程 确保高质量数据产出，每一步操作都需严格把控。从样品处理到最终数据...
专注于表观组学研究的深圳市易基因科技，作为多组学科研服务的领先者，提供甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)信息分析的详细流程。首先，原始的FASTQ格式下机数据需经过质控，使用Trimmomatic去除接头序列和低质量碱基，参数设置为特定值。然后，经过过滤的序列通过hisat2软件比对到参考基因组，形成m6A...