一、数据下载 根据上面得到的BioProject编号去ENA:https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home数据库得到原始数据下载链接。 数据情况如下:两个数据集都是单端测序,小鼠为5个样本,人为6个样本,每个样本两个文库(IP文库与Input文库) image-20220310165036336
一、下载人的参考基因组序列 去ensemble数据库: # 使用axel多线程下载数据,速度可到10M/s mkdir GRCh38 cd GRCh38 # 下载fa文件 axel -n 100 http://ftp.ensembl.org/pub/release-105/fasta/homo_sapiens/dna/Homo_sapiens.GRCh38.dna.primary_assembly.fa.gz # 下载gtf文件 axel -n 100 http://ftp.en...
m7G meRIP-seq高通量测序数据分析软件是由武汉康测科技有限公司著作的软件著作,该软件著作登记号为:2023SR1435931,属于分类,想要查询更多关于m7G meRIP-seq高通量测序数据分析软件著作的著作权信息就到天眼查官网!
点击右侧“示例数据”链接下载excel格式的示例数据。 图3.输入数据示例 示例数据(仅供参考)包括两组,即最多绘制染色体上面和下面两组数据: 第1列是染色体号,去掉了chr 第2列是基因组坐标,对于小片段来说,起始坐标,终止坐标及中点坐标在染色体尺度上基本没有区别,因此,这里可以直接使用获得的peak的中点坐标。 3,粘...
通常我们可以将ChIP-seq、MeRIP-seq、eccDNA等高通量测序的分析结果简化为染色体上的一些区域,即chr:start-end。将获得的结果在染色体上进行可视化不仅能够看出感兴趣区域的染色体分布和密度,而且能够展示多个条件下差异情况,非常形象。常见的展示方式有条形和圆形(circos)。今天我们来看下条形展示方式。
通常我们可以将ChIP-seq、MeRIP-seq、eccDNA等高通量测序的分析结果简化为染色体上的一些区域,即chr:start-end。将获得的结果在染色体上进行可视化不仅能够看出感兴趣区域的染色体分布和密度,而且能够展示多个条件下差异情况,非常形象。常见的展示方式有条形和圆形(circos)。今天我们来看下条形展示方式。
全套MeRIP-seq文章图表复现代码 前面我们分享了跟着Nature Medicine学MeDIP-seq数据分析,数据和代码都是公开,这个2G的压缩包文件,足以学习3个月,写60篇教程。 这里面的MeDIP-seq指的是DNA,那么MeRIP-seq其实就是RNA水平的又叫做m6a测序,恰好看到了咱们的表观微信交流群我们的生信技能树优秀转录组讲师在分享全套MeRIP...
因此,本文针对MeRIP-Seq测序数据,建立并完善相关信息数据库,同时设计了两种聚类算法实现其聚类分析。主要研究内容如下:针对RNA m~6A甲基化实验信息数据库不完善的问题,本文建立了MeT-DB V2.0。和首个收集转录组m~6A甲基化修饰的实验信息数据平台MeT-DB相比,MeT-DB V2.0不仅拥有7个物种26个实验预测的m~6A峰信息和...
7. PCR扩增过程中应设置阴性对照和阳性对照,以确保实验结果的可靠性。 8.测序数据的分析应使用专业的软件和方法,结合生物学背景进行解读。 以上是meripseq实验的基本流程,具体步骤可能会因实验目的和条件的不同而有所调整。在进行实验前,建议仔细阅读相关文献和试剂盒说明书,并根据实际情况进行优化。©...
实施例一种merip-seq高通量测序数据生物信息分析流程所述merip-seq高通量测序数据生物信息分析流程,包括如下步骤:s1、数据过滤与质量评估:首先,对下机得到的原始数据利用fastp进行质控,过滤掉低质量的测序数据,得到cleanreads。接着,对得到的cleanreads进行碱基的组成和质量分布分析,直观展示数据质量情况。其中,reads过滤的...