一、数据下载 根据上面得到的BioProject编号去ENA:https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home数据库得到原始数据下载链接。 数据情况如下:两个数据集都是单端测序,小鼠为5个样本,人为6个样本,每个样本两个文库(IP文库与Input文库) image-20220310165036336
rRNA去除之后就开始进行数据比对了,这一步骤作者使用了三个比对软件:Tophat2,STAR,HISAT2,BWA。 相应代码抠出来: HISAT2: image-20220326230833394.png 继续扣出来运行~ 一、下载人的参考基因组序列 去ensemble数据库: # 使用axel多线程下载数据,速度可到10M/s mkdir GRCh38 cd GRCh38 # 下载fa文件 axel -n ...
m7G meRIP-seq高通量测序数据分析软件是由武汉康测科技有限公司著作的软件著作,该软件著作登记号为:2023SR1435931,属于分类,想要查询更多关于m7G meRIP-seq高通量测序数据分析软件著作的著作权信息就到天眼查官网!
本发明属于生物学技术领域,具体涉及一种MeRIPseq高通量测序数据的生物分析流程.该分析流程主要包括数据过滤与质量评估,序列比对分析,单样本Peak分析,组内一致性peak检测与注释,motif分析,组间peak合并以及多样本聚类,组间RNA甲基化修饰有或无的差异及组间RNA甲基化率高低的差异分析.本发明提供的生物信息分析流程分析内容...
2023年meripseq数据分析最新文章查询,为您推荐等相关热门文章,爱企查企业服务平台为你提供企业服务相关专业知识,了解行业最新动态。
7.如权利要求1所述merip-seq高通量测序数据的生物分析流程,其特征在于,步骤s8的具体操作过程为:利用merip数据与input数据,计算每个peak的相对甲基化率,然后用exomepeak软件对比较组的所有peak(两组peak的并集)进行rna甲基化率差异分析,利用fdr值与log2fc来筛选差异peak,筛选条件为fdr<0.05且|log2fc|>1,并对差异...
实施例一种merip-seq高通量测序数据生物信息分析流程所述merip-seq高通量测序数据生物信息分析流程,包括如下步骤:s1、数据过滤与质量评估:首先,对下机得到的原始数据利用fastp进行质控,过滤掉低质量的测序数据,得到cleanreads。接着,对得到的cleanreads进行碱基的组成和质量分布分析,直观展示数据质量情况。其中,reads过滤的...
我们可以看到MeRIPseqPipe流程中主要是用的fastp与fastqc两个软件对原始数据进行了预处理。 fastqc可以对fq数据进行质量评估,使用java语言编写;fastp软件可以进行数据过滤同时进行质量评估,主要是用C++语言编写,支持多线程,处理数据速度非常快。 MeRIPseqPipe流程github上作者的这块相关的代码抠出来如下: ...
如果是intput数据,则重命名为ctrlX.intput.bam【control组】/cX.intput.bam【case组】,如果是IP数据则重名为:ctrlX.m6A.bam【control组】/cX.intput.bam【case组】,注意。这里input.bam和m6A.bam中的X是一致的,因为他们是配对的。 补充:m6A甲基化数据展示:分为control组和case组,每一条数据都有配对的IP和...
rRNA去除之后就开始进行数据比对了,这一步骤作者使用了四个比对软件:Tophat2,STAR,HISAT2,BWA。 相应代码抠出来: BWA: 继续扣出来运行~ 构建索引...