单细胞转录组测序(scRNA-seq)发现sp8阳性的神经元中YTHDF1的表达下降在中间神经元中最为明显,而这部分神经元,后续会发育成VIP中间神经元。YTHDF1的功能主要是识别RNA上的甲基化位点。通过RIP实验(RNA结合蛋白免疫沉淀)和m6A-seq测序分析发现m6A被高度富集在突触素(Synaptophysin)的mRNA上,同时Synaptophysin的mRNA上有Y...
MeRIP-seq 数据分析之 homer 富集 motifmp.weixin.qq.com/s/DuGMbD33ldD2RriLCS6H8g 其他好的资源推荐(推荐每个都点进去看看) MeRIP/ChIP-seq分析流程ming-lian.github.io/2019/02/17/MeRIP-seq/ https://github.com/Epigenomics-Lab/RNAMod/blob/main/MeRIP-seq_v0.1/MeRIP-seq_analyses_pipeline...
一、数据下载 根据上面得到的BioProject编号去ENA:https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home数据库得到原始数据下载链接。 数据情况如下:两个数据集都是单端测序,小鼠为5个样本,人为6个样本,每个样本两个文库(IP文库与Input文库) image-20220310165036336
rRNA去除之后就开始进行数据比对了,这一步骤作者使用了三个比对软件:Tophat2,STAR,HISAT2,BWA。 相应代码抠出来: HISAT2: image-20220326230833394.png 继续扣出来运行~ 一、下载人的参考基因组序列 去ensemble数据库: # 使用axel多线程下载数据,速度可到10M/s mkdir GRCh38 cd GRCh38 # 下载fa文件 axel -n ...
专注于表观组学研究的深圳市易基因科技，作为多组学科研服务的领先者，提供甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)信息分析的详细流程。首先，原始的FASTQ格式下机数据需经过质控，使用Trimmomatic去除接头序列和低质量碱基，参数设置为特定值。然后，经过过滤的序列通过hisat2软件比对到参考基因组，形成m6A...
三、甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)信息分析流程 (一)原始下机数据质控 原始下机数据为FASTQ格式,是高通量测序的标准格式。FASTQ文件每四行为一个单位,包含一条测序序列(read)的信息。该单位第一行为read的ID,一般以@符号开头;第二行为测序的序列,也就是reads的序列;第三行一般是一个+号,或者与第一...
MeRIP-seq作为一种新兴的在转录组范围内定量检测m6A水平的测序技术,拓展了RNA表观遗传学研究的基础和临床应用,且呈上升趋势。RNA甲基化数据分析的基本问题之一是通过对比病例和对照来鉴定差异甲基化区域(DMR)。现有开发了多种用于DMR检测的分析方法,但缺乏对这些分析方法的综合评估。
甲基化 RNA 免疫沉淀测序 (MeRIP-Seq)市场报告总计12章节,涵盖了中国甲基化 RNA 免疫沉淀测序 (MeRIP-Seq)市场环境、发展现状、产业链分析、市场供需、重点区域、进出口贸易情况、业内龙头企业营收情况与市场份额等重点分析内容。此外,该报告按产品类型、应用进行细分,分析了各细分市场规模与占比、价格变化趋势及影响...
对MeRIP-seq和RNA-seq数据进行联合分析,鉴定出612个m6A peaks和RNA表达异常调控基因。KEGG分析鉴定出612个基因在癌症相关信号通路中富集,包括cGMP-PKG信号通路和Rap1信号通路。GSEA富集分析表明,这些基因在细胞周期相变、细胞分裂、细胞对DNA损伤刺激响应和染色体组织中富集。
MeRIP-seq作为一种新兴的在转录组范围内定量检测m6A水平的测序技术,拓展了RNA表观遗传学研究的基础和临床应用,且呈上升趋势。RNA甲基化数据分析的基本问题之一是通过对比病例和对照来鉴定差异甲基化区域(DMR)。现有开发了多种用于DMR检测的分析方法,但缺乏对这些分析方法的综合评估。