我们可以看到MeRIPseqPipe流程中主要是用的fastp与fastqc两个软件对原始数据进行了预处理。 fastqc可以对fq数据进行质量评估,使用java语言编写;fastp软件可以进行数据过滤同时进行质量评估,主要是用C++语言编写,支持多线程,处理数据速度非常快。 MeRIPseqPipe流程github上作者的这块相关的代码抠出来如下: image-2022032023162207...
rRNA去除之后就开始进行数据比对了,这一步骤作者使用了三个比对软件:Tophat2,STAR,HISAT2,BWA。 相应代码抠出来: HISAT2: image-20220326230833394.png 继续扣出来运行~ 一、下载人的参考基因组序列 去ensemble数据库: # 使用axel多线程下载数据,速度可到10M/s mkdir GRCh38 cd GRCh38 # 下载fa文件 axel -n ...
这个代码关联到了两个 文章,首先是Cell Rep. 2021 Mar,标题是:《Post-transcriptional regulation of antiviral gene expression byN6-methyladenosine》,然后是文章《Limits in the detection of m6A changes using MeRIP/m6A-seq》 数据在:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE155413, 是12...
MeRIP-seq.md26.33 KB 一键复制编辑原始数据按行查看历史 lianm提交于7年前.Update MeRIP-seq.md 目录 Analysis pipeline for MeRIP-seq Schematic diagram of the MeRIP-seq protocol Data analysis workflow 由于m6A-seq数据分析的原理与过程和ChIP-seq十分相似,所以这里略过前面的质控,简单说明比对和peak calling步...
m7G meRIP-seq高通量测序数据分析软件是由武汉康测科技有限公司著作的软件著作,该软件著作登记号为:2023SR1435931,属于分类,想要查询更多关于m7G meRIP-seq高通量测序数据分析软件著作的著作权信息就到天眼查官网!
本发明属于生物学技术领域,具体涉及一种MeRIPseq高通量测序数据的生物分析流程.该分析流程主要包括数据过滤与质量评估,序列比对分析,单样本Peak分析,组内一致性peak检测与注释,motif分析,组间peak合并以及多样本聚类,组间RNA甲基化修饰有或无的差异及组间RNA甲基化率高低的差异分析.本发明提供的生物信息分析流程分析内容...
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这个代码关联到了两个 文章,首先是Cell Rep. 2021 Mar ,标题是:《Post-transcriptional regulation of antiviral gene expression byN6-methyladenosine》,然后是文章《Limits in the detection of m6A changes using MeRIP/m6A-seq》 数据在:https://www.ncbi.nlm./geo/query/acc.cgi?acc=GSE155413 , 是12个样...
其实如果你看过我表观组学,比如《ChIP-seq数据分析》和《ATAC-seq数据分析》就会发现其实这个m6A数据处理大同小异的,当然了,肯定是会有一些细微差异是需要注意的。具体数据分析的Linux上游的shell脚本看研究者的GitHub : 代码语言:javascript 复制 7.9K Jan92020run_full_analysis.sh1.3K Jan92020run_kallisto.sh...