qPCR引物设计流程与普通PCR一致,但相较于普通PCR的引物设计原则,qPCR更为严格,具体如下:1. 引物的退火温度要高,一般要在60℃以上;2. 引物的产物大小不要太大,一般在80-250bp之间都可; 3. 对于定量PCR来说,特别是在使用SYBR Green的情况下,引物二聚体的存在对结果的干扰较大,所以在选择引物时要尽量避免容易...
3.MeRIP-qPCR引物如何设计? 由于目的是定量位点的修饰水平,因此MeRIP-qPCR的引物不*是针对目标基因,还要是针对其上的那个修饰位点(区域)。这个位点信息可以从: (1)MeRIP-seq的测序结果中筛选得来 通常是一段位置坐标,比如云序生物提供的MeRIP-seq结果,某个甲基化峰位置如:chr1:111234-111567。有了这个位置信息,可...
与普通qPCR检测基因表达时能找到稳定表达的看家基因不同,MeRIP-qPCR没有一个稳定修饰的基因做参照,目前RNA修饰文章也不要求有这种参照。不过也可做IgG对照检测体系的特异性。 因此,在云序生物的GenSeq m6A MeRIP试剂盒中,我们贴心的为客户提供了IgG抗体以及m6A的一对阳参引物和一对阴参引物(根据文献报道:靶向 HEK29...
设计MeRIP-qPCR引物以验证p65 mRNA上的m6A修饰。潜在的m6A位点以红色标出(上),MeRIP-qPCR引物用箭头表示。MeRIP-qPCR用引物#2和#3(较低)验证了m6A修饰。 YTHDF1-RIP测序分析结果表明,与IgG对照相比,p65 mRNA富集(左)。YTHDF1-RIP-qPCR的小鼠p65 mRNA特异性引物(右)。 YTHDF1敲除的TNF/NF-κB信号通路关键效...
3.MeRIP-qPCR引物如何设计? 由于目的是定量位点的修饰水平,因此MeRIP-qPCR的引物不*是针对目标基因,还要是针对其上的那个修饰位点(区域)。这个位点信息可以从: (1)MeRIP-seq的测序结果中筛选得来 通常是一段位置坐标,比如云序生物提供的MeRIP-seq结果,某个甲基化峰位置如:chr1:111234-111567。有了这个位置信息,可...
(2)注意转录方向,输入基因转录起始位点上游2000bp区域,点击Update View,得到的序列为基因的启动子区域,后续按照普通qPCR引物设计原则设计引物即可。 五、MeRIP-qPCR RNA甲基化免疫共沉淀技术(methylated RNA immunoprecipitation,MeRIP )是利用免疫共沉淀的方法即用抗RNA甲基化抗体与被随机打断的RNA片段进行孵育,下拉得到有...
第四步,设计MeRIP-qPCR的特异性引物。由于m6A甲基化基本富集在UTR区和转录终止区,所以如上图所示在这些区域附近我们可以从测序结果里有明显的peak峰。那么我们设计引物可以考虑在基因高甲基化区域来进行。如果某几个常见的基因在不同文献里频繁出现,那么文献里列出来的引物可以被我们直接拿来引用。通常最后PCR产物长度最...
设计MeRIP-qPCR引物以验证p65 mRNA上的m6A修饰。潜在的m6A位点以红色标出(上),MeRIP-qPCR引物用箭头表示。MeRIP-qPCR用引物#2和#3(较低)验证了m6A修饰。 YTHDF1-RIP测序分析结果表明,与IgG对照相比,p65 mRNA富集(左)。YTHDF1-RIP-qPCR的小鼠p65 mRNA特异性引物(右)。
设计MeRIP-qPCR引物以验证p65 mRNA上的m6A修饰。潜在的m6A位点以红色标出(上),MeRIP-qPCR引物用箭头表示。MeRIP-qPCR用引物#2和#3(较低)验证了m6A修饰。 YTHDF1-RIP测序分析结果表明,与IgG对照相比,p65 mRNA富集(左)。YTHDF1-RIP-qPCR的小鼠p65 mRNA特异性引物(右)。
3.MeRIP-qPCR引物如何设计? 由于目的是定量位点的修饰水平,因此MeRIP-qPCR的引物不仅是针对目标基因,还要是针对其上的那个修饰位点(区域)。这个位点信息可以从: (1)MeRIP-seq的测序结果中筛选得来 通常是一段位置坐标,比如云序生物提供的MeRIP-seq结果,某个甲基化峰位置如:chr1:111234-111567。有了这个位置信息,可...