--broad:使用该参数后,MACS进行宽峰的callpeak。 --broad-cutoff:宽峰的统计值cutoff。默认使用q值过滤不显著的峰,如果加了-p就用p值过滤。 示例用法 # 常规转录因子ChIP-seq的peak calling: $macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam -f BAM -g hs -n test -B -q 0.01 # 组蛋白修饰类宽峰ChI...
macs2 callpeak-t TFILE-c CFILE-g GSIZE-n NAME -t:--treatment file; -c:Control file; -f:--format {AUTO,BAM,SAM,BED...},默认为AUTO; -g:GSIZE,Effective genome size,'hs' for human (2.7e9),也就是2.7G;'mm' for mouse (1.87e9); ...
-g参数指定基因组的有效大小,在NGS数据中,测序reads在基因组上的覆盖度并不是100%, 而且有些重复区域的比对信息是不可信的,剩下的能够利用的区域通常只占整个基因组区域的70%到90%,这个区域的大小就是有效大小,对于常见的物种,程序内置了有效大小,我们只需要指定物种的缩写即可...
MACS2的用法，call peaks的参数及输出文件的解读可以参考 MACS2文档学习 。输入文件参数：输出文件参数：peak calling 参数 Shift 模型参数：ATAC-seq关心的是在哪切断，断点才是peak的中心，所以使用shift模型，--shift -75或-100 对人细胞系ATAC-seq 数据call peak的参数设置如下：HBC的深度NGS数据...
我们必须告诉 MACS2 数据是使用格式参数配对的。这很重要,因为默认情况下 MACS2 会猜测它是单端 BAM。 MACS2 callpeak -t pairedEnd.bam -f BAMPE --outdir path/to/output/ --name pairedEndPeakName -g MyGenome R with_CondaEnv("ATACseq_analysis", system2(command = "macs2", args = c("call...
--c2 cond2_control_lambda.bdg --d1 12914669 --d2 14444786 -g 60 -l 120 --o-prefix diff_c1_vs_c2 其中-d1和-d2的值就是第二步运行时输出的reads数目,-o参数指定输出文件的前缀。运行成功后,会产生3个文件 diff_c1_vs_c2_c3.0_cond1.bed ...
macs2 callpeak -t treatment.bam -c control.bam -g hs -f BAM -n prefix -q 0.01 其中,-t指定处理组BAM文件,-c指定对照组BAM文件,-g指定基因组大小(如hs表示人类基因组),-f指定输入文件格式(如BAM),-n指定输出文件前缀,-q指定qvalue阈值。 查看输出:MACS2会生成多个输出文件,其中包括包含peak信息...
总结:Macs2是一个功能强大的ChIP-seq数据分析工具,可以用于高通量分析转录因子与基因组DNA的结合位点。它能够对数据进行预处理、标准化和峰值检测,以及进行后续的注释和富集分析等操作。在使用Macs2进行数据分析时,需要注意选择合适的参数设置,并结合其他工具进行数据后处理和生物学解释。©...
ChIP-seq Controlsample:“Input”or“IgG”-Input:sonicatedchromatin withoutimmunoprecipitation-IgG:“unspecific”IP ~200bp 36-50bp Typicallymillionsofreadspersample Park,NatRevGenetics,2009 MACS2 •Model-basedAnalysisofChIP-Seq•OriginalversionpublishedbyYongZhangand TaoLiufromthelabofX.ShirleyLiuatthe...