最后计算稀释系数,即input dilution factor,也就是input的RNA占m6A-IP的RNA有多少比例。根据上面的示例,也就是input RNA=100ng而m6A-IP RNA=1ug,那此处的稀释系数=10%。最后根据这些数值,我们可以计算出归一化后的ΔCt值,也叫ΔCt normalized RIP。 这里为什么归一化后的ΔCt normalized RIP还要减去log2(input ...
根据RNA-seq分析YTHDF2在许多类型的细胞或组织中负责调节mRNA的翻译、衰变和清除。然后,还可以用RNA免疫沉淀(RIP)qPCR方法检测了YTHDF2的候选靶向mRNA及其在处理后的变化。 图6 处理组通过YTHDF2识别和衰退减少肺细胞中抗铁死亡相关基因的表达 这样就进一步增加了机制的研究文章的档次也就上去了。 先有鸡再有蛋 第...
未显示C3orf33、PGBD2、ZNF20、ZNF573、ZNF577和ZNF785基因,因为它们与PELI2没有通路连接。 qRT-PCR检测ALKBH5敲低后16个候选基因的表达。实验重复3次,mRNA的相对表达量以平均值±SD表示。单因素方差分析,*P<0.05;** p<0.01。 IGV轨迹显示人表皮和HaCaT中PELI2的MeRIP-seq reads覆盖。 m6A-RIP-qPCR检测证实...
未显示C3orf33、PGBD2、ZNF20、ZNF573、ZNF577和ZNF785基因,因为它们与PELI2没有通路连接。 qRT-PCR检测ALKBH5敲低后16个候选基因的表达。实验重复3次,mRNA的相对表达量以平均值±SD表示。单因素方差分析,*P<0.05;** p<0.01。 IGV轨迹显示人表皮和HaCaT中PELI2的MeRIP-seq reads覆盖。 m6A-RIP-qPCR检测证实...
通过RIP-PCR，可发现IL-11和SERPINE 2为受YTHDF2调控的靶基因（图5B）。放线菌素D刺激下，YTHDF2缺失细胞的IL-11和SERPINE2 mRNA 衰减明显延长，而YTHDF2过表达细胞的IL-11和SERPIN E2衰减明显缩短（图5C、D）。分析患者肝癌组织可发现在IL-11和SERPIN E2的3＇UTR区有高丰度的m6A修饰（图5E）。荧光素酶...
RT-PCR验证靶基因的mRNA水平 Western blot验证靶基因的蛋白水平 Readers的RIP-qPCR验证Readers蛋白与靶基因mRNA的结合 关于易基因RNA m6A甲基化测序(MeRIP-seq)技术 易基因MeRIP-seq技术利用m6A特异性抗体富集发生m6A修饰的RNA片段(包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA),结合高通量测序,可以对RNA上的m6A修饰进行定位与定...
技术原理:RIP(RNA结合蛋白免疫沉淀)是研究细胞内蛋白与RNA结合情况的技术。运用针对目标蛋白的抗体把相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来,然后经过分离纯化就可以对结合在复合物上的RNA进行分析,结合的RNA可以通过高通量测序(RIP-seq)或定量PCR(RIP-qPCR)方法来鉴定。RIP...
Readers的突变/敲降/敲除/过表达实验:RT-PCR验证靶基因的mRNA水平、Western blot验证靶基因的蛋白水平、Readers的RIP-qPCR验证Readers蛋白与靶基因mRNA的结合 以上就是易基因关于RNA甲基化研究的相关总结,有RNA甲基化(m5C、m6A)测序需求的老师可以联系我们哦!
(c) qRT-PCR检测绒毡层发育和花粉外壁积累所需的基因。 (5)OsALKBH9基因功能丧失导致水稻转录组范围内m6A修饰高甲基化 图5:OsALKBH9基因功能丧失导致转录组范围的m6A高甲基化。 火山图结果显示了Osalkbh9-1与野生型(WT)之间m6A修饰变化。累积分数图和箱线图显示Osalkbh9-1和WT中m6A峰值的log2(富集倍数)。
qRT-PCR、免疫印迹等方法分析基因和蛋白表达。 细胞增殖、迁移、集落形成实验、荧光素酶报告基因检测等功能性实验。 RNA-seq、RIP/meRIP-seq、LACE-seq等测序分析。 裸鼠模型的体内实验评估IGF2BP3 KD或CDC25A过表达对肿瘤形成和生长的影响。 结果图形