最后计算稀释系数,即input dilution factor,也就是input的RNA占m6A-IP的RNA有多少比例。根据上面的示例,也就是input RNA=100ng而m6A-IP RNA=1ug,那此处的稀释系数=10%。最后根据这些数值,我们可以计算出归一化后的ΔCt值,也叫ΔCt normalized RIP。 这里为什么归一化后的ΔCt normalized RIP还要减去log2(input ...
根据RNA-seq分析YTHDF2在许多类型的细胞或组织中负责调节mRNA的翻译、衰变和清除。然后,还可以用RNA免疫沉淀(RIP)qPCR方法检测了YTHDF2的候选靶向mRNA及其在处理后的变化。 图6 处理组通过YTHDF2识别和衰退减少肺细胞中抗铁死亡相关基因的表达 这样就进一步增加了机制的研究文章的档次也就上去了。 先有鸡再有蛋 第...
通过m6A-qPCR，我们发现YTHDF2诱导IL-11和SERPINE2转录本上的m6A丢失（图5A）。通过RIP-PCR，可发现IL-11和SERPINE 2为受YTHDF2调控的靶基因（图5B）。放线菌素D刺激下，YTHDF2缺失细胞的IL-11和SERPINE2 mRNA 衰减明显延长，而YTHDF2过表达细胞的IL-11和SERPIN E2衰减明显缩短（图5C、D）。分析患者肝癌...
未显示C3orf33、PGBD2、ZNF20、ZNF573、ZNF577和ZNF785基因,因为它们与PELI2没有通路连接。 qRT-PCR检测ALKBH5敲低后16个候选基因的表达。实验重复3次,mRNA的相对表达量以平均值±SD表示。单因素方差分析,*P<0.05;** p<0.01。 IGV轨迹显示人表皮和HaCaT中PELI2的MeRIP-seq reads覆盖。 m6A-RIP-qPCR检测证实...
(c) qRT-PCR检测绒毡层发育和花粉外壁积累所需的基因。 (5)OsALKBH9基因功能丧失导致水稻转录组范围内m6A修饰高甲基化 图5:OsALKBH9基因功能丧失导致转录组范围的m6A高甲基化。 火山图结果显示了Osalkbh9-1与野生型(WT)之间m6A修饰变化。累积分数图和箱线图显示Osalkbh9-1和WT中m6A峰值的log2(富集倍数)。
技术平台:m6A-seq(MeRIP-seq)、RNA-seq、m6A-RIP-qPCR 、qRT-PCR、Dot-blot、WB/IF等 研究摘要: 创面再上皮化受损会导致皮肤屏障重建功能障碍。m6A RNA修饰参与RNA命运决定,m6A甲基化变异会触发许多疾病发病机制。然而,m6A在创面再上皮化中的作用仍然未知。本研究构建ALKBH5-/-小鼠以研究ALKBH5敲除后创面再上皮...
建立细胞模型和异种原位移植 (Orthotopic Xenograft) 肿瘤模型以鉴定METTL14和FAT4在眼部黑色素瘤生长中的作用。采用RIP-qPCR、MeRIP-seq、miCLIP-seq和RNA稳定性实验来研究FAT4对m6A水平的作用机制。 研究结果首先表明了眼部黑色素瘤细胞对HDACis的易感性。HDACis触发眼黑色素瘤中m6A RNA修饰的升高。进一步的研究表明...
RT-PCR验证靶基因的mRNA水平 Western blot验证靶基因的蛋白水平 Readers的RIP-qPCR验证Readers蛋白与靶基因mRNA的结合 关于易基因RNA m6A甲基化测序(MeRIP-seq)技术 易基因MeRIP-seq技术利用m6A特异性抗体富集发生m6A修饰的RNA片段(包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA),结合高通量测序,可以对RNA上的m6A修饰进行定位与定...
采用RIP-qPCR、MeRIP-seq、miCLIP-seq和RNA稳定性实验来研究FAT4对m6A水平的作用机制。 研究结果首先表明了眼部黑色素瘤细胞对HDACis的易感性。HDACis触发眼黑色素瘤中m6A RNA修饰的升高。进一步的研究表明,METTL14是HDACis的下游候选基因。METTL14在组蛋白低乙酰化状态下沉默,而HDACi恢复了METTL14的正常组蛋白乙酰化...