指定我们的 read1 和 read2 到 seq1 和 seq2 参数。最后，我们可以使用 asBam() 函数将输出的 SA...
间接识别蛋白：通过直接结合识别蛋白，从而影响RNA的功能 关于meRIP-seq MeRIP通过m6A特异性抗体富集和测序...
从eCLIP seq中还鉴定出m6A一致基序GGAC和YTHDF1结合偏好(图5B和5C)。值得注意的是,175个基因被确认为YTHDF1的直接靶点(图5D)。Circos图显示来自RIP-seq或eCLIP-seq的YTHDF1靶向基因被m6A修饰,但是它们的转录在YTHDF1基因敲除后没有改变(图5E),这表明YTHDF1可能...
五、EIF3C是YTHDF1的下游靶蛋白 如何进行YTHDF1下游靶蛋白确定,作者采用eCLIP-seq鉴定了2434个靶目标转录物,并且有175个基因是YTHDF1的直接靶标。 KEGG信号通路分析表明,这些基因与凋亡和mTOR信号通路有关 Ciros plot 综合RIP-seq, eCLIP-seq, m6A-seq, and RNA-seq分析表明,YTHDF1可能调节这些基因的翻译,而...
为了全面探索YTHDF1及其靶基因之间的直接相互作用,作者对过表YTHDF1的A2780细胞,进行了eCLIP-seq,并鉴定了2,343个目标转录物,这些转录物大多数是mRNA。将eCLIP seq的结果2,343个基因和上面三组数据交集确定的647个基因取交集,产生175个基因,将其确定为YTHDF1的直接结合靶基因。接下来,作者分析了175个基因上,m...
从eCLIP seq中还鉴定出m6A一致基序GGAC和YTHDF1结合偏好(图5B和5C)。值得注意的是,175个基因被确认为YTHDF1的直接靶点(图5D)。Circos图显示来自RIP-seq或eCLIP-seq的YTHDF1靶向基因被m6A修饰,但是它们的转录在YTHDF1基因敲除后没有改变(图5E),这表明YTHDF1可能调节卵巢癌细胞的翻译而不是RNA丰度。
Ciros plot 综合RIP-seq, eCLIP-seq, m6A-seq, and RNA-seq分析表明,YTHDF1可能调节这些基因的翻译,而不是RNA丰度。 将eCLIP测序数据与m6A-seq数据取交集发现共同含有175个基因,并且在这些基因当中,EIF3C的表达水平最高; 六、YTHDF1促进EIF3CmRNA翻译 ...
为了全面探索YTHDF1及其靶基因之间的直接相互作用,作者对过表YTHDF1的A2780细胞,进行了eCLIP-seq,并鉴定了2,343个目标转录物,这些转录物大多数是mRNA。将eCLIP seq的结果2,343个基因和上面三组数据交集确定的647个基因取交集,产生175个基因,将其确定为YTHDF1的直接结合靶基因。接下来,作者分析了175个基因上,m...
为了揭示m6A在MIL上的作用机制,作者通过分析ENCODE eCLIP 数据找到了一些富集于MIL的RNA结合蛋白,包括SAFB,SAFB2, HLTF和RBM15等。作者通过体外生化手段证实SAFB与MIL的结合主要通过m6A介导,提示SAFB可能参与MIL的调控。细胞生物学实验显示,...
四是m6A甲基化分析，RNA-seq、m6A-seq和RIP-seq结果显示，YTHDF1敲除导致基因表达变化，其中m6A修饰富集于开放阅读框（OFRs）终止密码子附近。五是EIF3C是YTHDF1的下游靶蛋白，通过eCLIP-seq鉴定，KEGG信号通路分析发现与凋亡和mTOR信号通路相关。总结而言，m6A RNA 甲基化在癌症发展中起着重要作用。m6A...