实验证据支持的相互作用数据,主要是从文献中整理得到的结果,包括了qPCR, northern blot, reporter assay, CLIP-seq等检测方法,软件预测是通过DIANA-microT这个软件来实现的。其中软件预测的lncRNA与miRNA相互作用数据是可以免费下载的,实验证据支持的数据需要向开发团队申请才可以。 以实验证据支持的相互作用数据为例,在...
实验证据支持的相互作用数据,主要是从文献中整理得到的结果,包括了qPCR, northern blot, reporter assay, CLIP-seq等检测方法,软件预测是通过DIANA-microT这个软件来实现的。其中软件预测的lncRNA与miRNA相互作用数据是可以免费下载的,实验证据支持的数据需要向开发团队申请才可以。 以实验证据支持的相互作...
LncBase是一个专门记录lncRNA与miRNA相互作用的数据库,最新版本为v2, 网址如下 http://carolina.imis./diana_tools/web/index.php?r=lncbasev2%2Findex 分成实验证据支持和软件预测两部分结果,示意如下 实验证据支持的相互作用数据,主要是从文献中整理得到的结果,包括了qPCR, northern blot, reporter assay, CLIP-se...
gain指的是原本lncRNA与miRNA没有结合位点,突变之后的lncRNA与miRNA存在结合位点,loss则与之相反,示意如下 5. lncRNA在TCGA数据库中的表达谱 采用柱状图的形式展示在不同肿瘤中的表达谱数据,示意如下 官网还提供了在线工具,可以分析突变位点对于lncRNA-miRNA结合的影响以及SNP对于ln...
LncCeRbase:人类lncRNA相关ceRNA数据库 欢迎关注”生信修炼手册”!lncRNA可以作为miRNAsponge与miRNA发生相互作用,通过竞争性的结合miRNA,可以调控其他基因的表达量, 发挥ceRNA的...,对应的疾病或者组织,发表期刊,pubmed Id。 通过这个数据库,我们可以得到lncRNA相关的ceRNA信息,既可以作为前期研究的一个调研,也可以通过...