目的：本研究通过生物信息学分析，探索潜在的竞争性内源性RNA (ceRNA)网络在肝硬化患者HCC发展中的作用。方法：利用GEO和TCGA数据库的数据挖掘，挖掘mRNA、lncRNA和miRNA差异表达谱。在匹配的HCC队列中，RT-PCR证实了他们的表达(n = 6/组)。通过共表达分析构建ceRNA网络。它们的相互调控及其在上皮-间充质转化(EMT...
1.DEGs、DEMs和DELs的鉴定(DEGs:差异表达的基因,DELs:差异表达的长非编码RNA,DEMs:差异表达的microRNAs,lncRNA:长非编码RNA,miRNA:microRNA,mRNA:messager RNA)→以火山图或热图呈现。 2. 功能富集分析:了解相关的DEGs的功能。 3. PPI(protein-protein interaction)网络的建立及枢纽基因的鉴定。 4. lncRNA-miRNA...
然而，后来发现，虽然一些miRNA是由premRNAs8的内含子生成的，但是miRNA和snoRNAs的非编码初级转录本也可...
根据对应关系,建立了miRNA-mRNA网络(图6B)。这些预测的miRNA的表达数据在OncomiR数据库中获得。结果发现只有15个有显着差异表达(表2)。在上述miRNA的基础上,利用StarBase和LncBase获得了106个常见的lncRNA-miRNA调控对(图7A)。与GEPIA的表达...
最近发表在Molecular Therapy-Nucleic Acids上的一篇文章 “lncRNA-H19通过干扰泛癌中miRNA来介导转录因子和靶基因”,该研究揭示了lncRNA-H19在泛癌中的调控作用,是一篇二区,影响因子是8.884的文章,随小编一起来看看该研究有什么可借鉴的地方吧。 研究思路和流程图...
由中国湖北同济医学院的科学家们领导的一项新研究调查了ceRNA网络,以更好地了解HCC中复杂的基因相互作用,并确定诊断和治疗HCC的潜在生物标志物。 他们的研究结果发表在《Aging-US》杂志上的一篇题为“Comprehensive analysis of the competing endogenous circRNA-lncRNA-miRNA-mRNA network and identification of a novel...
此外,三个lncRNA-miRNA- mRNA的表达模式与它们之间的预期关系一致,lncRNA作用于miRNA的表达,进而增加了内休眠的释放,影响冷胁迫下内源ABA的表达。这可能表明这些 lncRNA 可能有助于ABA代谢途径和细胞周期在寒冷时的进展。 2.5 LncRNA对光的响应 光作为一种主要的外界信号,调控植物的生长发育。在拟南芥幼苗中,在...
通过利用lncRNA、miRNA和mRNA数据形成的cerNA网络，我们在转录水平上对基因间表达的调控机制有了更清晰的...
通过合并共表达获得总共14对ceRNA对和lncRNA–miRNA–mRNA靶向对,其中ceRNA对涉及6个上调的lncRNA和8个下调的lncRNA。详细的预测过程如图4所示,并且使用Cytoscape软件可视化ceRNA调控网络。其中,我们发现dre-miR-24b-3p和dre-miR-193b-3p是ceRNA对的核心元件,与四个lncRNA和三个mRNA相互作用,包括LNC_007210,LNC_0112...
通过网络数据库miR CODE、LNCBase等预测LncRNA-miRNA-mRNA轴上相关的靶基因。确定靶基因后，通过miRNA的种子序列或自由能结合方式进行miRNA与LncRNA可能结合位点的预测，并通过双荧光素酶实验进行验证。本期内容针对LncRNA的简介分类、功能、常用数据库、研究思路及功能调控等四大方面进行了详细介绍，希望对LncRNA研究方向...