linux下的blast是一系列工具集合,包括:blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等。 采用conda安装,可能出现网络连接超时等问题,重复尝试: # 安装blast$>>conda install-c bioconda blast# blast安装perl模块的方法$>>conda install perl-digest-md5 二、 BLAST使用方法 第(1)步:makeblastdb命令建立检索所需“...
1.1 利用conda安装,关于conda请看之前的简文 代码语言:javascript 复制 #启动环境 $ source~/miniconda3/bin/activate $ conda install blast 比较简单 1.2 直接下载安装 首先在ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/下载最新版本的BLAST程序。
blastdbcheck blastn cleanup-blastdb-volumes.py dustmasker makeblastdb psiblast segmasker update_blastdb.pl blastdbcmd blastp convert2blastmask get_species_taxids.sh makembindex rpsblast tblastn windowmasker 添加到全局变量,将BLAST+可执行程序所在目录(bin)的绝对路径加入到环境变量$PATH中,方便通过程序...
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下载blast预编译版本,不需要再编译 我们需要的软件通常放在bin目录里 文件./blastp –help可以查看帮助信息,说明安装成功 使用conda管理生信软件 conda install numpy ackagesNotFoundError: The following packages are not available from current channels:不在conda默认途径中,我们需要配置 ...
当使用conda安装blast工具时，遇到了一个错误：错误在加载共享库时，libssl.so.1.0.0库文件不存在。这意味着系统中缺少SSL库文件，SSL库的命名规则遵循libxxxx.so.major.minor格式，其中xxxx代表库名，major和minor分别为主版本号和副版本号。此报错指向缺少SSL库。问题可能出在安装包下载时库版本不匹配...
用conda安装软件的第一步是你已经安装了conda,这里我们一般选择安装Miniconda。 下面是安装Miniconda的代码: wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh --no-check-certificate #miniconda3的下载 ls #查看当前目录内容,确保下载下来了 ...
使用conda安装简单好操作,比较适合小白,但会依赖各种各样的包,所以我使用了第二种安装方法。 一、安装GetOrganelle软件 mkdir software#如果在根目录(利用cd进入的目录)下创建目录 software cd software#进入目录 software wget https://github.com/Kinggerm/GetOrganelle/archive/1.7.3.5.tar.gz#下载 GetOrganelle版本为...
conda 安装blast,发现blastx运行报错: blastx: error while loading shared libraries: libssl.so.1.0.0: cannot open shared object file: No such file or directory 报错:缺少库文件,libssl.so.1.0.0 库指的是别人写好的代码,linux动态库的命名规则是libxxxx.so.major.minor,xxxx指的是库名,major是主版本...
下载安装3.5.1,没有遇到报错link Python 装Python 3,安装conda就自动装上。 Java 也是去官网下载安装,没有遇到报错,只是大,需要等。 1.3.4 环境管理 conda | Rstudio 用来管理和安装各种软件包和模块。 Conda for Python Anaconda 和 Miniconda 都是在使用Conda命令来管理包(模块)和运行环境的。