LD衰减图解读(LD decay) 查看原文 连锁不平衡:linkage disequilibrium 欢迎关注"生信修炼手册"!连锁不平衡指的是在某一群体中,两个基因同时遗传的频率大于随机组合的频率。下面通过一个例子来说明。基因A的两个allel 分别用A和a 表示,基因B的...这两个基因在遗传时不是独立的,意味着后代中单倍型出现的概率不是...
所以,下次你在文章中看到“LDdecay distance is XXkb”的时候,别忘了看看作者使用的标准是什么。 LD衰减会受什么的影响? 如图3所示, LD系数衰退速度会受到不同因素的影响而有所不同。常见的因素包括: 1)物种类型LD存在的本质是两个位点的连锁遗传导致的相关性。但这种相关性理论上会随着世代的增加、重组次数的...
3. 单个品种的绘制LD图 ~/bin/PopLDdecay-InVCFfile.vcf-OutStatLDdecay ~/bin/Plot_OnePop.pl-inFileLDdecay.stat.gz--outputre1-bin110-bin2100 这里面,我用的是SNP数据位点较少,所以曲线不平滑,可以修改bin2=500,在进行绘图: ~/bin/Plot_OnePop.pl-inFileLDdecay.stat.gz--outputre2-bin110-bin250...
3. 单个品种的绘制LD图 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 ~/bin/PopLDdecay-InVCF file.vcf-OutStat LDdecay~/bin/Plot_OnePop.pl-inFile LDdecay.stat.gz--output re1-bin110-bin2100 这里面,我用的是SNP数据位点较少,所以曲线不平滑,可以修改bin2=500,在进行绘图: 代码语言:javascrip...
3. 单个品种的绘制LD图 ~/bin/PopLDdecay -InVCF file.vcf -OutStat LDdecay ~/bin/Plot_OnePop.pl -inFile LDdecay.stat.gz --output re1 -bin110-bin2100 这里面,我用的是SNP数据位点较少,所以曲线不平滑,可以修改bin2=500,在进行绘图:
先下载PopLDdecay软件(开源GitHub) https://github.com/BGI-shenzhen/PopLDdecay PopLDdecay的安装 + View Code PopLDdecay的使用 step1 查看PopLDdecay的使用方法 sample: 1 2 3 4 5 6 # 1) For gatk VCF file deal , run PopLDdecay direct ...
(ld_data$r2) # 绘制LD衰减图 ggplot(ld_data, aes(x = Distance, y = r2)) + geom_point(alpha = 0.5) + # 绘制散点图,设置透明度 geom_smooth(method = "loess", se = FALSE, color = "blue") + # 添加LOESS平滑曲线 labs(title = "Linkage Disequilibrium Decay Plot", # 图标题 x = ...
LD图分为单个群体和多个群体的图,今天使用软件PopLDdecay来实现一下。这个软件需要Linux系统。 目标图: 1. 数据 基因型数据是vcf数据,plink格式的数据可以转化为vcf数据。 plink数据 vcf数据 AI检测代码解析 $ ls hebing.ped hebing.map hebing.map hebing.ped ...
LD衰减图绘制--PopLDdecay linuxldlisttxt LD衰减图,可以形象的查看群体LD衰减的情况。LD衰减是由于连锁不平衡所致,LD衰减速度在不同物种或者不同亚种中差异不同,通常用LD衰减到一般的距离来作为群体的衰减距离(还有其它计算方法),如果LD衰减很快,则在进行GWAS分析时需要更多的位点才能达到一定的精度。(计算群体GWAS...
【群体遗传】LDdecay计算和做图先下载PopLDdecay软件（开源GitHub）PopLDdecay的安装 1) INSTALL Method1 --- ###