`PopLDdecay` 是一个流行的工具,用于分析和可视化种群的连锁不平衡(Linkage Disequilibrium,简称LD)衰减。通过计算多个个体或种群的LD衰减,生成可供后续绘图使用的统计数据。主要输入是VCF文件,该文件包含了遗传变异的信息。输出是描述LD衰减的统计数据,通常是R^2值(表示等位基因之间的关联程度)与等位基因间的物理距离...
pytorch正则化——weitht decay 一、正则化与偏差—方差分解 1、Regularization:减少方差的策略 误差可分解为:偏差,方差与噪声之和,即:误差=偏差+方差+噪声之和 偏差:度量了学习算法的期望预测与真实结果的偏离程度,即刻画了学习算法本身的拟合能力 方差:度量了同样大小的训练集的变动所导致的学习性能的变化,即刻画...
这么不平湖，用bin作图也改善不了什么LD衰减距离是R2最大值与最小值中间的值对应的距离就是平均衰减距...
3. 单个品种的绘制LD图 ~/bin/PopLDdecay-InVCFfile.vcf-OutStatLDdecay ~/bin/Plot_OnePop.pl-inFileLDdecay.stat.gz--outputre1-bin110-bin2100 这里面,我用的是SNP数据位点较少,所以曲线不平滑,可以修改bin2=500,在进行绘图: ~/bin/Plot_OnePop.pl-inFileLDdecay.stat.gz--outputre2-bin110-bin250...
【群体遗传】LDdecay计算和做图先下载PopLDdecay软件（开源GitHub）PopLDdecay的安装 1) INSTALL Method1 --- ###
LDdecay按照染色体分开画 .: read.table("Fig_chr1_wild_africa.bin")->data1 read.table("Fig_chr2_wild_africa.bin")->data2 read.table("Fig_chr3_wild_africa.bin")->data3 read.table("Fig_chr4_wild_africa.bin")->data4 read.table("Fig_chr5_wild_africa.bin")->data5...
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官网:https://github.com/BGI-shenzhen/PopLDdecay 安装方法: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 git clone https://github.com/hewm2008/PopLDdecay.git cd PopLDdecay;chmod755configure;./configure;make;mv PopLDdecay bin/;#[rm*.o] ...
先下载PopLDdecay软件(开源GitHub) https://github.com/BGI-shenzhen/PopLDdecay PopLDdecay的安装 + View Code PopLDdecay的使用 step1 查看PopLDdecay的使用方法 sample: 1 2 3 4 5 6 # 1) For gatk VCF file deal , run PopLDdecay direct ...
LD_decay-calculation a simple pipeline to calculate LD_decay this is a readme in Chinese version pipeline to calculate LD decay last edited on 18.21.21 by Zhisheng plink路径 /usr/share/plink_linux_x86_64_20181202/plink 从VCF文件中保留个体 ...