除了核心的LD衰减分析功能外,`PopLDdecay` 还提供了一些绘图脚本,帮助用户可视化结果。 首先将按品种分为map和ped的文件转成vcf,将各个品种的文件放在一个目录下,然后编写一个循环脚本,将该目录下的map和ped文件批量转为vcf文件,考虑染色体数量为29(按物种常然色体对数确定),并确保输出的VCF文件保存在名为"LD"的...
LD衰减图解读(LD decay) 查看原文 连锁不平衡:linkage disequilibrium 欢迎关注"生信修炼手册"!连锁不平衡指的是在某一群体中,两个基因同时遗传的频率大于随机组合的频率。下面通过一个例子来说明。基因A的两个allel 分别用A和a 表示,基因B的...这两个基因在遗传时不是独立的,意味着后代中单倍型出现的概率不是...
这么不平湖，用bin作图也改善不了什么LD衰减距离是R2最大值与最小值中间的值对应的距离就是平均衰减距...
3. 单个品种的绘制LD图 ~/bin/PopLDdecay-InVCFfile.vcf-OutStatLDdecay ~/bin/Plot_OnePop.pl-inFileLDdecay.stat.gz--outputre1-bin110-bin2100 这里面,我用的是SNP数据位点较少,所以曲线不平滑,可以修改bin2=500,在进行绘图: ~/bin/Plot_OnePop.pl-inFileLDdecay.stat.gz--outputre2-bin110-bin250...
【群体遗传】LDdecay计算和做图先下载PopLDdecay软件（开源GitHub）PopLDdecay的安装 1) INSTALL Method1 --- ###
LDdecay包是用于计算LD衰减的工具包。它基于Hill-Brown模型,可以估计位点之间的LD衰减速率。使用LDdecay包,我们可以读取SNP数据,计算LD衰减速率,并绘制LD衰减曲线。此外,LDdecay包还提供了一些其他函数,如“ld2vcf”和“vcf2ld”,用于将LD数据转换为VCF格式和将VCF格式转换为LD数据。 三、LD衰减分析的实例 下面以一...
先下载PopLDdecay软件(开源GitHub) https://github.com/BGI-shenzhen/PopLDdecay PopLDdecay的安装 + View Code PopLDdecay的使用 step1 查看PopLDdecay的使用方法 sample: 1 2 3 4 5 6 # 1) For gatk VCF file deal , run PopLDdecay direct ...
连锁不平衡在遗传群体分析中，可以通过PopLDdecay和LDBlockShow两种软件工具来评估和可视化。PopLDdecay：功能：用于从整体上评估遗传群体中的连锁程度。获取途径：可以从GitHub获取，且网上有丰富的教程和指南。LDBlockShow：功能：允许用户从局部角度深入查看特定区间内的连锁关系，提供详细且直观的方式。与...
2. PopLDdecay软件安装 官网:https://github.com/BGI-shenzhen/PopLDdecay 安装方法: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 git clone https://github.com/hewm2008/PopLDdecay.git cd PopLDdecay;chmod755configure;./configure;make;mv PopLDdecay bin/;#[rm*.o] ...
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